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LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用
北京海思煜人科技发展有限公司海思煜人培[2015]第（08）号file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml\wpsF0B5.tmp.png
关于开展“
LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用”培训班通& &知各相关单位：
近年来，随着计算技术的快速发展，计算机分子模拟已成为在分子水平上研究分子结构及其性质的一种强有力的工具。随着科研水平的提高，分子模拟及其工程应用越来越受到人们的重视。
分子模拟在现代科学技术研究开发中发挥着重要的作用，一方面，它能从本质上定量化探索机理和规律，另一方面，又能促进我们的研究开发工作向经济、高效和有预见性的方向发展。& && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && & 近年来，分子动力学计算模拟，发展和普及得异常迅速，出现多款功能强大的计算模拟软件，如LAMMPS全称是“大规模原子分子并行模拟器”主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数，且LAMMPS有良好的并行扩展性。为普及分子动力学计算软件LAMMPS的使用， 北京海思煜人科技发展有限公司特举办“LAMMPS分子动力学模拟应用”培训班，具体事宜通知如下：【培训目标】通过培训提高学员应用LAMMPS解决实际问题的能力，使学员在以下三个方面得到提高:1、结合问题特征分析问题和选取模型的方法；2、了解针对解决实际问题使用LAMMPS功能模拟的方法；3、通过实例参考了解解决实际问题的途径与软件操作。【时间地点】
日-----01月18日& && &北 京
（时间安排：第一天报到、授课三天）【培训对象】从事化学&化工、材料、生物、物理、医药等领域相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员、高校和大专院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员。
file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml\wpsF0B6.tmp.png
北京海思煜人科技发展有限公司
二〇一五年十二月十日
附件1：“LAMMPS分子动力学模拟计算技术应用”培训班事宜一、主讲专家:
主讲老师来自高校及相关科研院所的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事该领域的重大项目研究工作，具有资深的技术底蕴和专业背景。三、培训方式:
1、课程讲座；& && &&&2、专题小组研讨与案例讲解分析结合；& && &&&3、上机操作；（欢迎学员带着自己在工作中遇到的实际问题与老师一起探讨）四、培训费用：RMB：3900元/人（含报名费、授课费、教材资料费、会议注册费、场地费等）食宿可统一安排，费用自理。二、培训内容：时间[size=12.0000pt]课时[size=12.0000pt]课程题目[size=12.0000pt]内容[size=12.0000pt]第一天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时分子力场分子间相互作用势，全原子力场，粗粒化力场，反应力场二课时分子动力学基础牛顿运动方程，周期性边界条件，控温、控压方法，长程作用的处理方法三课时建模和输出文件可视化[size=12.0000pt]Packmol及Vmd的使用第二天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时Lammps应用1-安装[size=12.0000pt]、输入文件、运行[size=12.0000pt]Lammps介绍，安装[size=12.0000pt]要[size=12.0000pt]求[size=12.0000pt]，输入文件格式[size=12.0000pt]，平衡的判断条件，误差分析，二课时Lammps应用2-特殊关键字运用函数形式的选择，fix关键字，computer关键字三课时Lammps介绍3-物理性质的计算密度、蒸发焓、表面张力、RDF等常见性质的计算第三天[size=12.0000pt]一课[size=12.0000pt]时Lammps应用实例1[size=12.0000pt]-复杂流体表面活性剂CMC的预测，表面活性剂自组装过程的研究二课时Lammps应用实例2-含能材料固体材料的建模，计算条件设置，体积模量、升发焓的计算三课时Lammps应用实例3-反应力场沸石催化MTO反应，沸石合成机理的研究
五、报名方式:报名表请传真至会务处，传真至：010-或邮件至E-mail: 。收到报名表后我们会以邮件或电话与学员确认报名成功，并提前一周发 报到通知（详细培训地点及乘车路线）。六、联系方式:联系人：程帅
& && && && && && && && && && &&&电&&话：010-传&&真：010-& && && && && && && && &&&E_mail：
{:4_100:}{:4_100:}{:4_100:}
听师兄们说上次学习后什么都没学到还不如看手册
您好，请问您是哪个学校的？或者您可以把您师兄的名字告诉我们，我们会有专人进行打电话做调查的。另外，我们上次的培训效果非常的好，参加的人员都挺满意的。
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好好看看，非常好的帖子
的确学不到东西，价格比其他辅导班贵不少不说，后期再有问题还是抓瞎，没有学后服务。
另外好的机构都有好的官网，我没找到此机构官网。
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lammps各种命令讲解
作者御剑江湖收录日期发布日期COMMANDS描述了LAMMPS输入文件的格式和在定义LAMMPS模拟所需要的命令11LAMMPSINPUTSCRIPT我们用LAMMPS做分子动力学模拟,需要一个输入文件LAMMPS在执行计算的时候,从这个文本文件中逐行读入命令大多数情况,LAMMPS输入文件中各个命令的顺序并不是很重要但是你要注意以下几点1LAMMPS并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的,或者说,每条命令在它被读入之后就会起作用了注意,下面两组命令的执行效果是不相同的TIMESTEP05RUN100RUN100和RUN100TIMESTEP05RUN1002有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效例如如果你要设定一组原子的温度,那么用GROUP命令定义哪些原子属于这个组才行3还有一种情况就是命令B要用到命A设置的一些数值,这样你也不能颠倒这两个命令的顺序每个命令的详细介绍中的RESTRICTIONS部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义如果你的输入文件书写的格式有问题,LAMMPS在执行的时候会提示ERROR或者WARNING,出现类似信息时,你可以到手册的第九章中查询原因12PARSINGRULES输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令LAMMPS中命令的书写是对大小写敏感的,不过一般的命令和参数都是小写的,大写字母用于极少数的情况1命令行后的表示这一行跟下一行是同一条命令这一点跟FORTRAN很像2命令行最开始的表示这一行在执行过程中被忽略,你可以用它来写注释3是跟声明变量有关系的,我暂时还没用到过,具体请参阅VARIABLE命令的详细介绍4命令行被TABS,SPACES间隔成各个“WORDS”,注意这里的“WORDS”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号5一行中第一个词是命令名,后续的词是相关的参数6双引号内的文字空格被整体地当作一个参数,其中的或就没有前面说的作用了13INPUTSCRIPTSTRUCTURELAMMPS的输入文件一般分为4个部分INITIALIZATION,ATOMDEFINITION,SETTINGS,RUNASIMULATION后面的两个部分可以按照需要多次重复REMEMBERTHATALMOSTALLTHECOMMANDSNEEDONLYBEUSEDIFANONDEFAULTVALUEISDESIRED1INITIALIZATION在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置相关的命令有UNITS,DIMENSION,NEWTON,PROCESSORS,BOUNDARY,ATOM_STYLE,ATOM_MODIFYUNITS选择单位系统,LAMMPS提供了LJ、REAL、METAL三种单位系统DIMENSION2D模拟还是3D模拟,默认是3DBOUNDARY边界条件周期性边界OR自由边界ATOM_STYLE定义你的模拟体系中的原子属性,注意这个STYLE要区分后面设置力场参数时命令里提到的ATOMTYPE还有,这些命令告诉LAMMPS在你的模拟中使用何种力场PAIR_STYLE,BOND_STYLE,ANGLE_STYLE,DIHEDRAL_STYLE,IMPROPER_STYLE2ATOMDEFINITIONLAMMPS提供3种方式定义原子①通过READ_DATA或READ_RESTART命令从DATA或RESTART文件读入,这些文件可以包含分子拓扑结构信息②按照晶格的方式创建原子不包含分子拓扑信息,你会用到这几个命令LATTICE,REGION,CREATE_BOX,CREATE_ATOMS③已经设置好的原子可以用REPLICATE命令复制以生成一个更大规模的模拟体系3SETTINGS原子和分子的拓扑信息定义好后,你要制定一系列的设置力场系数、模拟参数、输出选项等等力场系数可以通过这些命令定义PAIR_COEFF,BOND_COEFF,ANGLE_COEFF,DIHEDRAL_COEFF,IMPROPER_COEFF,KSPACE_STYLE,DIELECTRIC,SPECIAL_BONDS注意,其实力场系数也可以在DATA文件中制定,详见READ_DATA命令介绍各种模拟参数由这些命令设置NEIGHBOR,NEIGH_MODIFY,GROUP,TIMESTEP,RESET_TIMESTEP,RUN_STYLE,MIN_STYLE,MIN_MODIFY我觉得FIX命令是LAMMPS中很重要的一个命令,它包括很多子命令,可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等模拟过程中通过下面的命令制定LAMMPS进行各种计算COMPUTE,COMPUTE_MODIFY,VARIABLE输出选项由THERMO,DUMP,RESTART命令设置4RUNASIMULATION使用RUN命令开始一个分子动力学模拟,用MINIMIZE命令来实施能量最小化MOLECULARSTATICS,使用TEMPER命令来进行PARALLELTEMPERINGREPLICAEXCHANGESIMULATION14COMMANDSLISTEDBYCATEGORY这一节分门别类地列出了LAMMPS的所有命令注意有些命令的有些选项是特定的LAMMPSPACKAGE的一部分,也就是说只有在编译LAMMPS的时候包括了这些PACKAGES,这些命令才能被使用默认情况下编译LAMMPS并不包括所有的PACKAGES这些依赖关系在相关命令的详细介绍中RESTRICTIONS部分中列出了INITIALIZATIONATOM_MODIFY,ATOM_STYLE,BOUNDARY,DIMENSION,NEWTON,PROCESSORS,UNITSATOMDEFINITIONCREATE_ATOMS,CREATE_BOX,LATTICE,READ_DATA,READ_RESTART,REGION,REPLICATEFORCEFIELDSANGLE_COEFF,ANGLE_STYLE,BOND_COEFF,BOND_STYLE,DIELECTRIC,DIHEDRAL_COEFF,DIHEDRAL_STYLE,IMPROPER_COEFF,IMPROPER_STYLE,KSPACE_MODIFY,KSPACE_STYLE,PAIR_COEFF,PAIR_MODIFY,PAIR_STYLE,PAIR_WRITE,SPECIAL_BONDSSETTINGSCOMMUNICATE,DIPOLE,GROUP,MASS,MIN_MODIFY,MIN_STYLE,NEIGH_MODIFY,NEIGHBOR,RESET_TIMESTEP,RUN_STYLE,SET,SHAPE,TIMESTEP,VELOCITYFIXESFIX,FIX_MODIFY,UNFIXCOMPUTESCOMPUTE,COMPUTE_MODIFY,UNCOMPUTEOUTPUTDUMP,DUMP_MODIFY,RESTART,THERMO,THERMO_MODIFY,THERMO_STYLE,UNDUMP,WRITE_RESTARTACTIONSDELETE_ATOMS,DELETE_BONDS,DISPLACE_ATOMS,DISPLACE_BOX,MINIMIZE,RUN,TEMPERMISCELLANEOUSCLEAR,ECHO,IF,INCLUDE,JUMP,LABEL,LOG,NEXT,PRINT,SHELL,VARIABLE作者御剑江湖一、各种文件的介绍1INFILE建立该文件以便程序的写入2LOGFILE写入状态信息（IFTHESWITCHISUSED）3SCREENFILE决定结果的是否进行屏幕输出4VARNAMEFILE定义一个变量，NAME指变量名，可为字母也可为字符串，形式X/{ABC}二、屏幕输出结果显示在屏幕上，同时在LOGFILE中。开始前LAMMPS计算出所需的存储空间，运行中每隔几个时步显示一次热力学状态，直至输出最终状态。LOOPTIMEOF49002ON2PROCSFOR2004ATOMS该部分显示了几个大类的计算时间PAIRTIMEBONDTIME41KSPCETIMENEIGHTIMECOMMTIMEOUTPTTIME601OTHERTIMENLOCAL1002AVE,1015MAX,989MIN每个处理器中特定原子的数目HISTOGRAMNGHOST8720AVE,8724MAX,8716MINHISTOGRAMNEIGHS354141AVE,361422MAX,346860MINHISTOGRAMTOTALOFNEIGHBORS708282AVENEIGHS/ATOM353434AVESPECIALNEIGHS/ATOM234032NUMBEROFRENEIGHBORINGS42DANGEROUSRENEIGHBORINGS2当运用了能量最小化命令进行能量最小化时，还将出现如下所示语句MINIMIZATIONSTATSEINITIAL,NEXT-TO-LAST,FINAL-193-294342（显示初终能量以及NEXTTOLAST循环的能量）GRADIENT2-NORMINIT/FINAL（给出能量梯度，即所有原子的受力）GRADIENTINF-NORMINIT/FINAL2FORM是力向量的长度，INFFORM是最大构成ITERATIONS36循环次数FORCEEVALUATIONS177对力进行评定的次数当程序中有KSPACE_STYLELONG-RANGECOULOMBICSSOLVE
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&span id=&_baidu_bookmark_start_2& style=&display: line-height: 0&>?&/span>&span id=&_baidu_bookmark_start_4& style=&display: line-height: 0&>?&/span>&/p>&p>&span style=&font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>& & 鉴于本网发布稿件来源广泛、数量较多, 系统审核过程只针对存在明显违法有害内容（如色情、暴力、反动、危害社会治安及公共安全等公安部门明文规定的违法内容）进行处理，难以逐一核准作者身份及核验所发布的内容是否存在侵权事宜, 如果著作权人发现本网已转载或摘编了其拥有著作权的作品或对稿酬有疑议, 请及时与本网联系删除。&/span>&/p>&p>&strong style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 white-space: background-color: rgb(255, 255, 255);&>& & 侵权处理办法参考版权提示一文：&/strong>&a href=&https://www.jinchutou.com/h-59.html& target=&_blank& textvalue=&https://www.jinchutou.com/h-59.html&>https://www.jinchutou.com/h-59.html&/a>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>&&/span>&/p>&p>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>1、如涉及内容过多，需要发送邮箱，请电子邮箱到，我们会及时处理；&/span>&/p>&p>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>2、系统一旦删除后，文档肯定是不能下载了的，但展示页面缓存需要一段时间才能清空，请耐心等待2-6小时；&/span>&/p>&p>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>3、请版权所有人（单位）提供最起码的证明（证明版权所有人），以便我们尽快查处上传人；&/span>&/p>&p>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>4、请文明对话，友好处理；&/span>&/p>&p>&span style=&color: rgb(102, 102, 102); font-family: 微软雅黑, Arial, &Times New Roman&; font-size: 14 background-color: rgb(255, 255, 255);&>5、为了杜绝以前再有类似的侵权事情，可以为我们提供相应的关键字，便于管理人员添加到系统后能有效排除和抵制与您（贵单位）相关版权作品上传；&/span>&/p>&p>&span id=&_baidu_bookmark_end_5& style=&display: line-height: 0&>?&/span>&span id=&_baidu_bookmark_end_3& style=&display: line-height: 0&>?&/span>&/p>" />
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基于分子动力学的晶体铜拉伸变形机理研究
论文目录&摘要第1-5页 Abstract第5-10页 第1章 绪论第10-16页 　　· 课题来源、背景及意义第10-12页 　　　　· 课题来源第10页 　　　　· 课题研究的背景第10-11页 　　　　· 课题研究的目的和意义第11-12页 　　· 国内外纳米材料分子动力学模拟研究现状及分析第12-15页 　　　　· 单晶材料国内外研究现状第12-13页 　　　　· 多晶材料国内外研究现状第13-15页 　　· 课题主要研究内容第15-16页 第2章 分子动力学基本理论及多晶模型建立第16-28页 　　· 引言第16页 　　· 分子动力学仿真方法第16-22页 　　　　· 分子动力学基本原理和积分算法第16-18页 　　　　· 系综和系统控制方法第18-19页 　　　　· 边界条件和最近镜像方法第19-20页 　　　　· 原子间相互作用势第20-21页 　　　　· 分子动力学仿真基本流程第21-22页 　　· 大规模分子动力学仿真软件环境第22-23页 　　　　· LAMMPS第22页 　　　　· OVITO第22-23页 　　· 中心对称参数法第23页 　　· 纳米多晶材料建模第23-27页 　　　　· Voronoi 方法第24页 　　　　· 多晶材料仿真建模第24-27页 　　· 本章小结第27-28页 第3章 表面效应对单晶铜纳米杆变形机理的影响第28-42页 　　· 引言第28页 　　· 分子动力学模拟方案第28-30页 　　　　· 仿真方案第28页 　　　　· 仿真模型建立第28-30页 　　　　· 仿真参数设置第30页 　　· 单晶铜纳米杆仿真数据分析及可视化第30-36页 　　　　· 单晶铜纳米杆弹性变形阶段分析第31-33页 　　　　· 单晶铜纳米杆塑性屈服阶段分析第33-35页 　　　　· 单晶铜纳米杆塑性延伸阶段分析第35-36页 　　· 单晶铜块体仿真数据分析及可视化第36-40页 　　　　· 单晶铜块体弹性变形阶段分析第37-38页 　　　　· 单晶铜块体塑性屈服阶段分析第38-39页 　　　　· 单晶铜块体塑性断裂阶段分析第39-40页 　　· 单晶铜纳米杆与单晶铜块体仿真结果对比第40页 　　· 本章小结第40-42页 第4章 微观结构对纳米多晶铜块体变形机理的影响第42-51页 　　· 引言第42页 　　· 纳米多晶铜块体模型结构分析第42-45页 　　　　· 晶粒与晶界能量分布分析第43-44页 　　　　· 纳米多晶铜块体截面能量分析第44-45页 　　· 纳米多晶铜块体仿真数据分析及可视化第45-50页 　　　　· 多晶铜块体弹性变形阶段分析第46页 　　　　· 多晶铜块体应变强化阶段分析第46-48页 　　　　· 多晶铜块体塑性断裂阶段分析第48-50页 　　· 本章小结第50-51页 第5章 截面形状对多晶铜纳米杆变形机理的影响第51-63页 　　· 引言第51页 　　· 分子动力学模拟方案第51-52页 　　　　· 仿真模型的建立第51-52页 　　　　· 仿真参数设置第52页 　　· 方形截面多晶铜纳米杆仿真结果分析及可视化第52-57页 　　　　· 方形多晶铜纳米杆弹性变形阶段分析第53-55页 　　　　· 方形多晶铜纳米杆应变强化阶段分析第55-56页 　　　　· 方形多晶铜纳米杆塑性延伸阶段分析第56-57页 　　· 圆形截面多晶铜纳米杆仿真结果分析及可视化第57-61页 　　　　· 圆形多晶铜纳米杆弹性变形阶段分析第58-59页 　　　　· 圆形多晶铜纳米杆应变强化阶段分析第59-60页 　　　　· 圆形多晶铜纳米杆塑性延伸阶段分析第60-61页 　　· 方形、圆形截面多晶铜纳米杆仿真数据对比第61-62页 　　· 本章小结第62-63页 结论第63-64页 参考文献第64-69页 攻读硕士学位期间发表的论文第69-71页 致谢第71页
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