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dmol3分析完了电子密度，import之后怎么出现.grd文件
dmol3分析完了电子密度，import之后怎么出现.grd文件
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castep和Dmol3都是强行把VBM和Fermi level都设置为零. 这个说法值得商榷吧,而LUMO 就是它的上一个轨道. CASTEP用以价带的最高点为能量零点,也就是HOMO轨道CASTEP用以价带的最高点为能量零点,也就是HOMO轨道. HOMO是能量值为零小木虫仪器共享
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&【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！
【求助】Dmol3计算outmol分析电子密度，谢谢！
作者 cherrily
几何优化模型之后，我计算了轨道，得到结果outmol文件
第一个问题：
里面显示如下：
Fermi Energy& &0.15390Ha& &&&4.188eV& &-kTS_e= -0.014745Ha
&&HOMO is orbital number& & 40
&&LUMO is orbital number& & 41
& & state& && && && && && && && & eigenvalue& && &&&occupation
& && && && && && && && && && &(au)& && && & (ev)
& & 1& &-& &1& &a& && &&&-18.607907& && &-506.347& &&&1.000
& & 2& &+& &1& &a& && &&&-18.607857& && &-506.346& &&&1.000
& & 3& &-& &2& &a& && &&&-18.607726& && &-506.342& &&&1.000
& & 4& &+& &2& &a& && &&&-18.607658& && &-506.340& &&&1.000
& &34& &+&&17& &a& && && &-0.079579& && &&&-2.165& &&&1.000
& &35& &-&&18& &a& && && &-0.079369& && &&&-2.160& &&&1.000
& &36& &+&&18& &a& && && &-0.079285& && &&&-2.157& &&&1.000
& &37& &-&&19& &a& && && &-0.077259& && &&&-2.102& &&&1.000
& &38& &+&&19& &a& && && &-0.077139& && &&&-2.099& &&&1.000
& &39& &+&&20& &a& && && &-0.076044& && &&&-2.069& &&&1.000
& &40& &-&&20& &a& && && &-0.075971& && &&&-2.067& &&&1.000
& &41& &-&&21& &a& && && & 0.161169& && && &4.386& &&&0.189
& &42& &+&&21& &a& && && & 0.161405& && && &4.392& &&&0.182
& &43& &-&&22& &a& && && & 0.162940& && && &4.434& &&&0.141
& &44& &+&&22& &a& && && & 0.163105& && && &4.438& &&&0.137
我查看了以前的老贴子，说电子密度就是轨道的平方，在import之后我是可以得到HOMO的图的，这里显示的特征值是不是就是轨道函数呢？
第二个问题：
& && &&&Total E (au)& &&&Binding E (au)& &&&Convergence& &&&Time (m)& &Iter
-----------------------------------------------------------------------------
Ef& && &-305.5343502& && & -1.2624257& && && &0.83E-04& && &&&0.623& &&&26
binding energy&&-1.262426Ha&&-34.35236eV& &-792.200kcal/mol& &-kJ/mol
这个Ef的能量是不是就是费米能级的能量？那我理解为HOMO的能量，对不对呢？
第三个问题：
上一个问题的数据中，Binding E的数值是费米能级的什么结合能？
第四个问题：
计算布居结果如下
Mulliken population analysis
Mulliken atomic charges:
& && && & charge& & spin
&&O(&&1)&&-0.592& &0.001
&&H(&&2)& &0.181&&-0.004
&&H(&&3)& &0.174&&-0.004
&&O(&&4)&&-0.595&&-0.001
&&H(&&5)& &0.162& &0.005
&&H(&&6)& &0.172& &0.005
请问这个spin的数值能说明什么问题？这个例子里面的数据有说明了什么?
第五个问题：
Plotting output:
&&property:& && && && && && && && && & file name:
&&DMol3 total electron density& && && && && && && && && && &&&4H2O-_density.grd& && && && &
&&orbital& &40&&20 -a& &&&-0.& &4H2O-_homo.grd& && && && && &
&&orbital& &41&&21 -a& && &0.& &4H2O-_lumo.grd& && && && && &
这个里面显示的 -0.4 和第一个问题里面的轨道的特征值很相近，是不是就是特征值？如果是，为什么有一点差别？这是同一次收敛计算的结果啊。
如果不是，那是什么呢？
刚刚学习MS，对于outmol文件有很多不明白，问题问的会比较低一点，请大家不吝赐教，谢谢，已经发愁好几天了。
一开始我非常担心质量，因为我从未使用过专业的编校公司。抱着试一试的想法用了朋友向我推荐的专业君论文。 事实证明专业君论文做得很出色！
除了编辑精准的表达和规范专业术语之外，我更欣赏专业君论文高度的敬业精神。
非常吃惊编辑居然为我做了三次免费修改，完全出乎我的意料。
受益于 的仔细修订，我的文章最终被Experimental Brain Research接收。虽然影响因子不高，但非常高兴第一次被SCI期刊接收。
楼主问了很好的问题，我只能回答第3个问题，Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和，再除以总原子数。
楼主的问题，我也不懂，同学习中，希望高手们能多多指点一下
个人觉得专业君论文高级润色就很不错，因为论文润色后，语言流畅，编辑还会针对稿件表述不清的地方提出修改意见，相当于一次审稿。语言润色质量高，时间快，价格适中。特么高兴的是我论文很快得到了杂志的接受。
嗯 随时关注这个帖子 希望有高手可以解答 帮顶
另外对于第4个问题，我觉得spin值就是每个原子的磁矩，你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗？选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩，不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不确定 呵呵 希望高手赐教
引用回帖:Originally posted by 水月慧心 at
另外对于第4个问题，我觉得spin值就是每个原子的磁矩，你在计算这个例子的时候选了spin unrestricted 了吗？选了的话 在优化结构的过程中就会优化每个原子的磁矩，不过你的spin值很小 应该可以忽略吧。不过我也不 ... 我计算的时候有选spin-unrestricted
引用回帖:Originally posted by ym23 at
楼主问了很好的问题，我只能回答第3个问题，Binding E的数值所有原子的结合能。这个值=体系的总能减去所有单原子能量之和，再除以总原子数。 请问是不是整个体系的结合能？
包括所有原子和离子的。
那么为什么是定义成除以原子数？
，没有其他人再帮我看一下么？
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&MS8.0，Dmol3的一个问题
MS8.0，Dmol3的一个问题
作者 爱情blue
MS8.0，点击Dmol3中Calculation出现这样的问题”Unable to connect&&dialog,Unable to connect&&dialog -给定关键字不在字典中。&点击OK按钮后关闭对话框出现这样的界面：“onDisconnect 未将对象引用设置到对象的实例&,请问怎么解决。
以上是我从另外一个人的主题复制的，，本人也碰到了一样的问题。刚刚新装的8.0，其他模块如castep能够正常运行没有问题。点击Dmol3--calculation，就会出现上述问题，在properties选项卡中勾选要计算的性质就会提示“给定关键字不在字典中”，job control 中gateway location提示&No Server Gateway Registered&。点击Run就会默认连至上次使用过的机器。我一开始怀疑是license出错，换了一个license，让MS以管理员身份都不管用。暂时想不到什么方法了，还请大神指教
想到解决办法了，应该属于运行库的问题。先将MS卸载，然后再将本地的.net Framework 4.5.2重装（记得去微软官网找原版），之后再重装MS即可。
[ Last edited by 爱情blue on
at 15:30 ]
还有四个结构没有优化。MS 8.0 license就到期了。衰。。。。楼主 可以和您求个Lincense么
引用回帖:: Originally posted by xieruobing at
还有四个结构没有优化。MS 8.0 license就到期了。衰。。。。楼主 可以和您求个Lincense么
请记得修改计算机名，使用方法应该懂的，
你的系统是不是升级到Win10了，win10下Demol不正常，我也无解！
引用回帖:: Originally posted by xuxj at
你的系统是不是升级到Win10了，win10下Demol不正常，我也无解！ 你说的对，其实是MS 8.0 不兼容win10的问题。多少会出现问题。MS8.0在Windows 7系统下工作很流畅，不会出现楼主的问题。我劝你还是重装系统吧。
引用回帖:: Originally posted by xuxj at
你的系统是不是升级到Win10了，win10下Demol不正常，我也无解！ Dmol3在win7也不正常，然后我升win10，还是不正常，
楼主，问题怎么解决的。。。
同问，我今天也碰到了这个问题，已经用了半年了都没事
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