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imagej 这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析
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内容提示：imagej 这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析
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&2. Image&Type&8-bit，将图片从RGB变成8-bit格式。图片会变成这样，上方会显示 8-bit：3. Edit & Invert&图片会变成这样，明暗颜色与上图刚好相反：4. &Image & Adjust & Threshold...，打开阈值窗口，进行阈值设定。也可以用 Ctrl+Shift+T快捷键调出阈值窗口。出现的窗口如下：通过阈值窗口Threshold调节阈值，亮度超过阈值的细胞将被统计到。设定好以后，点击Apply按钮，应用到图片上。5. 这里看到有的两个、三个或多个细胞重叠在一起，可以通过点击 Process & Binary & Watershed，用分水岭法将细胞分开。显示图片如下：6. &Analyze & Analyze Particles...显示的窗口如下：设置细胞核大小，如：50-Infinity&&选择显示轮廓或其他选项:&点击OK，对这些感兴趣的点进行分析，会弹出3个窗口，分别是Summary、Results和ROI Manager，总结了这些点（细胞核）的总数、每一个点的各项参数（如面积、平均值、宽度、高度等），并可以通过ROI Manager对每一个点进行操作（添加或删除等）。&7. 最后可以在Summary文件中看到图片2.tif中的细胞个数为228个。当然自动计数细胞的方法并不完全精确，但只要在误差允许范围内仍然可以用，会节省很多时间。&&&&&&&
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历史上的今天
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loftPermalink:'',
id:'fks_',
blogTitle:'使用imageJ统计细胞个数（自动数细胞）的方法',
blogAbstract:'1. 打开要计数的图片，比如一张染细胞核的图片。细胞核因为形状较规则，可以通过设定阈值的方法自动计数。一些不规则的细胞，需要使用手动计数的方法统计细胞个数（具体方法参加本博客的上一篇日志
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&&&&&&&&${fn1(x.voteTime)}
{if x.userName==''}{/if}
网易公司版权所有&&
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{if defined('wl')}
{list wl as x}{/list}关注今日：14 | 主题：282347
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【原创】应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析&[精华]
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这个帖子发布于5年零32天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
前言 ImageJ是个好东西……（省略1000字）总地来说对我们的好处是：1、免费2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以说得上是无限多（前提是你找得到，而且会用），真的没有的功能还能自己做个插件（一般我们倒是没这个闲功夫，基本好插件都是老外做出来的）3、分析处理的结果比较受到普遍承认这里是它的官网：官网有它的原版安装包及大量插件、用户手册下载正题1、安装后首先打开ImageJ：2、打开要分析图片：File&open（热键为Ctrl+O）3、转换成8bit的灰度图：Image&Type&8-bit4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit&Invert（热键为Ctrl+Shift+I）以下为从左到右分别为原图、8bit灰度图及反转后的图：5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里忽略）：Analyze&Calibrate
在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK点击OK后会跳出校正后的光密度曲线：如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages6、选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze&Set scale 点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK7、选择测量项目：Analyze&Set Measurements在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density，并勾选下面的Limit to threshold（这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK8、选择测量域值：Image&Adjust&Threshold（热键为Ctrl+Shift+T） 滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值，以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中，选好之后点击右下角的Set在弹出来的界面点击OK9、测量：Analyze&Measure（热键为Ctrl+M或直接按M）10、记录数据并计算：结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD（光密度的总和）。结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即：=0.（/pixel）同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比：从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-Pro Plus）的分析结果是基本一致的
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空山凝烨 编辑于
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很感谢楼主无私的分享。我还有个问题，我想知道这个可以用来分析一组图片中的每个细胞的荧光亮度，并画出曲线图吗？我是实时监测细胞荧光亮度变化的。就像下面的图像中的神经元，能测量吗？先谢谢楼主
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第一次接触这个软件，之前有向别人请教过这个软件，但是为什么说是把荧光强度转化为白底背景下的灰度值，然后来测灰度值什么的，也没有说要校正成uncalibrate OD，还有就是在调整阈值的时候，那步你点出来是红色的图片的那张，为什么我点出来就是黑白图片。对这个软件了解很少，提的问题可能有点奇怪，希望能回复。。
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你好呀，我用你的这个步骤去计算的。我的荧光弱的图片的细胞明显多于荧光强的图片，threshold调一样大的时候计算出来的area却是荧光强的图片大，这是为什么呢？ 还有不同图片，threshold应该是调一样的吗？
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【原创】imageJ 中细胞测量各参数的涵义？
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这个帖子发布于6年零335天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
ROI manager
测量中一个细胞的AreaMeanStdDevModeMinMaxXYXMYMPerim.BXBYWidthHeightMajorMinorAngleCirc.FeretIntDenMedianSkewKurt%AreaSliceFeretAngleMinFeretARRoundSolidity 都各自代表什么意思呀？？
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