《刺客信条》每一部作品的剧情之间的关系如下：

首先，刺客信条的主题便是刺客对圣殿骑士。一代的背景便是红十字军东征，其中圣殿骑士搞鬼，而刺客们去阻止他们的阴谋。二代则是在文艺复兴的意大利，同是圣殿骑士的人阴谋杀害了主角E叔的家人，E叔起初是为了复仇，但渐渐的才发现这是一个很深的故事，便加入了刺客兄弟会，开始了对圣殿骑士的对抗之旅，（在这我不得不纠正很多人的一个误区，刺客信条三部分别为：刺客信条1，刺客信条2，刺客信条2：兄弟会，刺客信条2：启示录，刺客信条3，并不是启示录就是3代这种说法），兄弟会作为中年时代的E叔对抗圣殿骑士的故事，而启示录则是老年的E叔故事。三代则是美国独立战争时期，圣殿骑士联合英国扼杀自由起义，而康师傅暗中帮忙的故事

1. Desmond（戴斯蒙）一觉醒来发现自己被一群人给抓了，他们自称是圣殿骑士，并且知道Desmond是刺客，需要通过Desmond的DNA来探索古代一些伊甸园圣器的信息。于是Desmond就只能被迫进入一台叫Animus的机器，来读取自己祖先留在DNA里的记忆。他读取到了一位刺客大师Altair（阿泰尔）。Altair作为刺客首领Mualim最得意的弟子，被派遣一项任务和两名刺客兄弟去一个古墓中拿取一件宝物，但当Altair到达的时候发现圣殿骑士已经取得了宝物。Altair高估了自己的能力硬碰硬，结果害死了自己的一个兄弟，另一个兄弟夺回了宝物死里逃生。于是回来后Altair被贬为最低等的刺客从头开始学习。同时，师傅Mualim让Altair刺杀九位圣殿骑士首领。Altair一步一步完成任务，但直到杀死最后一位圣殿骑士首领Robert（罗伯特）之后，他才知道原来自己的师傅Mualim是深深隐藏着的第十位圣殿骑士首领，为的就是利用Altair取得宝物，还能干掉自己的同伙。当Altair返回刺客基地马西亚夫城堡的时候，Mualim已经对那件宝物——伊甸园圣器金苹果有所研究，并得到了巨大的力量，但Altair作为正统的刺客，凭自己不屈的毅力杀死了背叛刺客的师傅。回到现代，圣殿骑士们已经对金苹果有所了解，Desmond面临着被处死的危机。同时，他发现在Animus中呆久了之后，学会了Altair的一项独特刺客技能——鹰眼，并通过鹰眼发现了地面、墙壁上的血迹。原来在他之前已经有人被这样当做实验品，但不幸死亡（那就是16号，Desmond是17号）。

2. Desmond在刺客信条1之后本来是准备要处死的，但是Lucy帮他逃了出来，和另外两个现代刺客会合。为了找到伊甸园圣器的下落，Desmond不得不再次进入刺客兄弟会的机器Animus 2.0，这一次他成为了中世纪佛罗伦萨的贵族Ezio Auditore（艾奇奥）。Ezio的父亲和两个兄弟被陷害以后，他在自己的叔叔Mario Auditore（马里奥）的帮助下脱离险境，并且知道自己的家族是刺客家族。于是他开始自己的复仇之路。在复仇的过程中，Ezio慢慢知道了伊甸园圣器的事，并且自己也在慢慢成长，直到有一次圣殿骑士从外地运回威尼斯一件很重要的物品，被Ezio夺到，原来就是金苹果。于是Ezio发现一个事实，就是在罗马有一件伊甸园圣器“教皇权杖”，它和“金苹果”结合就能打开一些秘密。于是刺客们就前往罗马，一来为了杀死陷害Ezio一家的罗马教皇Rodrigo Borgia（罗德里格·波奇亚），二来为了抢夺教皇权杖。谁知Rodrigo早有准备，反刺伤了Ezio，抢了他的金苹果。但是Rodrigo没有刺客的血统，结合了教皇权杖和金苹果，但却无法激活。而后Ezio赶来，两人赤手空拳搏斗，Ezio最终胜利，但心一软没有杀死这位陷害自己一家的幕后主使。Rodrigo逃脱。Ezio身为正统刺客，发现自己的血统使两件伊甸园圣器合体激活，打开了罗马教堂地下的一间密室，而密室中出现的影像却是给后来人，也就是给现代正统刺客Desmond的信息。然而回到现代，正在此时，圣殿骑士出现，Lucy和Desmond不得不展开战斗，Desmond通过Animus的血统效应已经学会了Ezio的一些技能，击退了圣殿骑士以后逃离。

3. Desmond和Lucy一行人一直逃到蒙特奥吉欧尼，也就是中世纪Ezio叔叔Mario的庄园。他们开始继续搜索金苹果的下落。回到Animus中，Ezio打败Rodrigo之后载誉归来，回到Mario的庄园，但不想第二天凌晨，Rodrigo的儿子Cesare Borgia带兵攻打庄园，并最终抢夺了金苹果，还杀死了Mario。Ezio也只能带伤逃离。逃离了以后，他孤身一人来到罗马，再次踏上了复仇之路。在Machiavelli（马基雅维利）、Da Vinci（达芬奇）和罗马当地的佣兵、交际花和盗贼的帮助下，Ezio解放了罗马，拿回了金苹果，并最终杀死了Cesare。夺回金苹果后，Ezio把它埋在了罗马大剧场地下的一间密室里。回到现代，Desmond等人立即赶往罗马大剧场遗址，并进入密室，拿到了金苹果。但Desmond一碰到金苹果之后就被控制，不由自主走向Lucy，刺杀了她，随后陷入了昏迷。

4. Desmond昏迷之后，其他刺客急忙将他放回了Animus，希望通过Animus能让他苏醒。在Animus中，Desmond的意识和肉体已经分离，他的意识遇见了另一位在Animus中游荡的“16号”意识，来自一位现代已经遇害的刺客。16号告诉他只有在Altair、Ezio和Desmond完全同步的时候才能让Desmond找回自我。于是Desmond第三次进入了Ezio的记忆。Ezio为了寻找古老刺客的知识，来到了Altair所在的马西亚夫城堡，发现一间Altair建造的密室。为了打开密室，Ezio必须找到五把Altair留下的钥匙，而这些钥匙已经被当时马可波罗的父亲带去君士坦丁堡埋藏。到了君士坦丁堡之后Ezio卷入了宫廷斗争，还认识了一位有魅力的女人Sofia（索菲亚）。找到五个钥匙之后，Ezio和Sofia一起回到了马西亚夫城堡，打开了密室，见到了Altair的遗体和Altair留下的另一个力量更强大的金苹果。这时金苹果又被激活，Altair、Ezio和Desmond的意识完全同步，Desmond聆听了人类诞生前的文明留下的信息，需要Desmond拯救世界。在那之后，Ezio扔下了身上的武器，把它们和金苹果放在一起留在了密室，结束了自己的刺客生涯。回到现代，Desmond从Animus中苏醒了过来。

5. 讲的是一个新的祖先康纳，desmond又再次经历这个祖先的人生后找到解放神殿的3个能源后，放出了神朱诺从而拯救了世界，但自己去牺牲了。目前desmond的尸体被圣殿骑士给回收了。

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别怪我，要怪就怪ubisoft。

剧情一开始，你会先看到落落长的片头动画，还有个老伯在讲解。基本上片头动画算是前情提要，试图把前几代的剧情很快的向没玩过前几代的新玩家交代完毕，由于有中文字幕，所以影片的内容也不必赘述，但是真的没玩过前几代的朋友，恐怕看完了片头以后只会一头雾水，所以为了?再嫩也会玩?的目标，以下先简单介绍一下刺客信条系列的世界观(至于老鸟这段就可跳过了)。

在刺客信条的世界观中，历史上，有两个组织一直不断的互相对抗，其中之一就是片头中以红十字为徽记的?圣殿骑士团?，英文发音?甜不辣?……添朴喇，这群圣殿骑士团是故事中的反派，他们总是想要垄断、洗脑、催眠、控制人心，以达成?和谐?的世界。

另外一群人，就是历代主角们所属的?刺客?，刺客追求全人类的自由，像圣殿骑士团这种老是想控制别人的家伙，是他们所要暗杀、打倒的对象。

这两个组织从古代一直缠斗到现代，圣殿骑士团到了现代，开了一家?阿不死的狗(Abstergo)?的科技公司作为掩护，进行他们的邪恶勾当，?阿不死的狗?发明了一种机器，叫?阿泥马(Animus)?，专门用来追踪?DNA记忆?，想要借此找到?伊甸的碎片?。

所谓伊甸的碎片，是一个神器碎裂开来以后的许多碎片，其中最主要的是圣经伊甸园故事中的?伊甸的苹果?，具有催眠、操控人心的超自然力量，想?和谐?全世界的圣殿骑士团当然最想要这种神器了。

所谓DNA记忆，就是你的祖先所干过的事，都会记录在DNA之中代代相传，为了找到?伊甸的碎片?，圣殿骑士团锁定一个在历史上与?伊甸的碎片?有关系的刺客──十字军东征时代的传奇刺客阿泰尔──找出他在现代的后代子孙，绑架他们，然后放进?阿泥马?，想从他们身上榨出相关资讯。

我们的主角，老玩家们人称?呆子蒙?的戴斯蒙?迈尔斯──片头影片中本来在喝酒，却被绑走放到奇怪机器(就是?阿泥马?)上的那个──就因此在刺客信条一代被圣殿骑士团绑架去了。

在?阿泥马?中，呆子蒙和祖先阿泰尔同步，重新经历过阿泰尔的冒险过程，逐步搜集资讯，因为阿泰尔很厉害，当玩家做出太逊的事，譬如说一直挨扁，或是很笨的摔到挂，同步就会失败，所以游戏中，被?打死?的时候，会跟你说是?同步失败?。

在一代的最后，呆子蒙同步到看到?伊甸的碎片?分布在地球上的位置投影，此时圣殿骑士团的邪恶企业?阿不死的狗?已经得到所需的资讯，就把他从?阿泥马?拉出来，打算杀了他灭口，但女科学家露西(Lucy Stillman)却救了他，原来露西是刺客组织潜入?阿不死的狗?的间谍。

露西带他去见两位刺客组织的人，一位是历史专家肖恩?海斯汀(Shaun Hastings)，一位是电脑专家丽贝卡?克琳(Rebecca Crane)，他们两人协力打造了刺客组织版本的?阿泥马?，叫?阿泥马2.0?，这次他们要呆子蒙同步他的另一位祖先，十五世纪义大利的传奇刺客艾吉欧，这就开启了二代的故事。

当呆子蒙同步艾吉欧的冒险历程到最后，打倒了圣殿骑士团头头，也就是那时的教宗，并抢回了?伊甸的苹果?，艾吉欧发现教宗的十字架，也是伊甸碎片的一部分，称之为?钥杖?，结合了?苹果?和?钥杖?以后，他进入一间神秘的密室，里头是外星结构，有个外星女人的投影自称密涅瓦，即罗马神话中的智慧女神与女战神(常译为米奈娃)──她在希腊神话中的名字我们更熟悉，就是大名鼎鼎的雅典娜──密涅瓦表示自己身为先进古代超文明，讲了一些文明多先进、历史多悠久之类的屁话，总之她警告呆子蒙2012年会有毁灭全球的大灾难。

就在这时，?阿不死的狗?找到他们，攻了进来，呆子蒙一行人只好逃走，逃亡的过程中，露西发现地球的磁场有漏洞，要知道太阳常常会放射强力辐射性的太阳风，都是地球的磁场挡住，在磁场较弱的南北极，我们会看到极光，就是太阳风打在大气层上所发出的，露西预测太阳将要发出强大的闪焰，要是地球的磁场有漏洞，那全人类都会被太阳风给烤死，露西认为那就是米诺娃所预言的大灾难。

为了阻止大灾难，只好再让呆子蒙去同步艾吉欧，这就是?刺客信条：兄弟会?的剧情，最后终于找到

古代神殿的所在地，当一行人进入神殿时，呆子蒙见到了另一个古代超文明女人，自称朱诺，即罗马神话中的天后──在希腊神话中，她叫希拉，是宙斯的妹妹与妻子，十分善妒──朱诺又讲了一大堆人类多无知之类的屁话，话讲到一半时，突然看露西不顺眼，说这女的不允许跟呆子蒙一起进入神殿大门，于是就控制呆子蒙，把可怜的露西给一刀戳死了……

呆子蒙自己也陷入了昏迷与神智错乱，为了拯救他，其他伙伴带他去找他爸，威廉?迈尔斯，也就是片头动画中说话的那个人，老玩家们匿称他为?呆子爸?，呆子爸把呆子蒙又放进?阿泥马?，在其中，上一个使用?阿泥马?的人──受试者16号，他人已经死了，不过留下精神在?阿泥马?里面──告诉呆子蒙，如果要复苏，就得把阿泰尔和艾吉欧两个祖先的故事都同步完成。

于是呆子蒙又继续艾吉欧的冒险，这就是?刺客信条：启示录?的剧情，艾吉欧发现了阿泰尔的密室，不过要打开的话，要找到五个碟状的?钥匙?，艾吉欧在君士坦丁堡冒险最后终于收齐钥匙，才发现原来阿泰尔把?苹果?和第六把钥匙藏在里头，这时又有古代超文明人出现了，他自称是朱比特，也就是罗马神话的主神──希腊神话中的宙斯──他告诉呆子蒙说，他们是?第一文明?，当时为了阻止太阳闪焰灾难，他们建造了很多宝库，把研究资料传送到一个中央宝库去，不过当年他们研究的办法没一个有用，所以第一文明就被摧毁了，朱比特告诉呆子蒙中央宝库的位置，原来是在美国的新英格兰地区(美国的东北部)。

接下来就继续回到三代的片头。为了要阻止太阳闪焰世界末日，所以呆子蒙就和呆子爸、肖恩、丽贝卡，四个人开车到那个中央宝库的位置。

片头动画完，紧接着就是一行人开车抵达，你会看到四个人下车搬东西，这四个人之中，有胡子的就是呆子爸，女生就是丽贝卡，你可以控制的角色就是呆子蒙，剩下那个就是肖恩，简单明了吧？

呆子蒙昏迷以后，显然又被放进?阿泥马(Animus)?了，四周是一片白白的开机画面，他抱怨也没用，接着他说朱诺又跟他说话，叫他要找钥匙，所以呆子蒙又得同步某个祖先啦……

后面就是第一个祖先“海尔森”了。讲他最后成了刺客组织的叛徒，变成圣殿骑士团的人来开拓殖民地（杀原住民，加强英国对美统治）。

后来因为海尔森要干一件什么事情，让conner妈帮忙，产生了感情，还XXX。但最后conner妈认为海尔森为了目标不顾一切，就自己回到部落里去了。

再后面就是康纳了（总算绕回来了......）。他要打到圣殿骑士团，解放美国，摆脱圣殿骑士团所控制的英军统治......