苹果iPhone6s手机刷机对手机不会有影响的，但是刷机前记得备份手机资料
使用XY苹果助手刷机前准备：
1、iPhone刷机前需要做好重要数据资料的备份工作，XY刷机助手提供了备份功能
2、确认自己是否开启Apple ID锁（即find my iPhone功能），如果开启请关闭防止刷机后因忘记Apple ID密码而无法激活。如何关闭：“设置”—“iCloud”—“查找我的iPhone”选择关闭
XY苹果助手刷机教程：
1.成功连接设备后点击“一键刷机”；
2.进入导入或下载固件页面，可以自动匹配可刷固件版本点击“开始刷机”开始下载固件，固件下载完后自动进入刷机流程如果已下载好固件，可以直接“导入固件”开始刷机；
3.XY刷机助手刷机大概需要5汾钟刷机流程中，请耐心等待不要断开设备或进行其他操作；
4.刷完机后自动进入激活流程，激活后即可

应该是刷机工具存在的问题，你用的应该是原生刷机工具吧！原生刷机工具通通都是英文的当然它们也是有bug的，只是相对而然，原生刷机工具基本上都是不会出差错的不像刷机大师那种垃圾，还要获取root权限才能刷机原生刷机工具不需要，另外说一下你这个问题应该是原生刷机工具和手机的系统多少有点不兼容造成的，如果你的手机能够正常开机并且进入系统是没有问题的