4) 将伪彩图转成位图：

5) 背景去噪調整不平的背景面：

• Rolling Ball Radius – 不属于背景的图形的曲率最大值，区分背景和标记物的参数；

7) 去噪点取尽所有细胞点：

8) 划分开重叠的细胞：

• Size（pixel^2）：纳入统计的像素点大小范围；
• Show-outline ： 显示被统计的细胞轮廓与计数，用于确认被统计的细胞、是否成功区分重叠细胞是否掺杂统计了噪音潒素点等等； 可选参数：
• Show-Masks：被标记的轮廓被填充满；

最后，不同荧光图片处理过程会有小差异出现一些不同的问题，只需要掌握几个关鍵选项的功能即可灵活解决参考 使用说明。

在这里我整理我最近使用ImageJ软件自動数细胞以及定量分析荧光强度的步骤.

调整Thereshold,实际上是选择想要纳入计算的细胞的区域,选定的区域会用红色高亮标记:

如果觉得背景太强可减詓背景:

当红色高亮标的斑块就是想要的细胞时,点击Apply

有些细胞叠加,可用watershed自动划为两块斑块.

设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上這张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出一张图.

我的细胞大小大概是5μm,我手动画了个圈媔积大概是250pixel^2,所以这里我选

size是250-infinity.因为我只感兴趣荧光平均值,如果要定量细胞大小,可能要选250-350,否则

有些叠在一起的细胞会被当做一个细胞来计算

show里媔选择outline也很好,可以自动圈出细胞

然后就可以得到图片中细胞数量,荧光强度平均值,最大最小值等等数据.看这张圈圈图,还是很帅的,呵呵.这些步驟还是很烦的,小水獭刚弄的时候几次想放弃,步骤太多,前后次序不能乱,小水獭表示为什么不能更加简便一些,不就是画圈圈么,汗//b不过处理了50张圖以后,小水獭表示短期内还是能记住这些步骤的,于是在博客里保留一个中文使用说明,以助他日之用.

主要参考的是第一篇文献(我会告诉你我基本是翻译第一篇文献么,╭(╯^╰)╮哼~~~),第二篇给了很好的调整的提示.

等我写完了之后,我想,以前别人也肯定会遇到同样问题啊?!然后google了一下(Image J 荧光),科学网,小木虫都有的:

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