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欢迎使用Materials Studio Materials
Studio 是一个采用服务器/客户机模式的软件环境，它为你的PC 机带
来世界最先进的材料模拟和建模技术。 Materials
使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构，使用极好的
制图能力来显示结果。与其它标准PC 软件整合的工具使得容易共享这些数据。 Materials Studio 的服务器/客户机结构使得你的Windows NT/2000/XP ，Linux 和
UNIX 服务器可以运行复杂的计算，并把结果直接返回你的桌面。 Materials
Studio 采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。
Accelry’s 的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模
拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。卓越的建立结构和可视化能力和分析、显
示科学数据的工具支持了这些技术。 无论是使用高级的运算方法，还是简单地利用Materials
Studio 增强你的报告或
演讲，你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。
易用性与灵活性 Materials Studio 可以在Windows 98,Me ，NT ，2000 和XP 下运行。用户界面符
合微软标准，你可以交互控制三维图形模型、通过简单的对话框建立运算任务并分析
结果，这一切对Windows 用户都很熟悉。 Materials Studio 的中心模块是Materials Visualizer 。它可以容易地建立和处理图
形模型，包括有机无机晶体、高聚物、非晶态材料、表面和层状结构。Materials Visualizer
也管理、显示并分析文本、图形和表格格式的数据，支持与其它字处理、电子表格和
演示软件的数据交换。 Materials
Studio 是一个模块化的环境。每种模块提供不同的结构确定、性质预
测或模拟方法。你可以选择符合你要求的模块与Materials
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MS建模小结
导读：MS建模小结，补充：建模时加入杂原子的方法，采用DMOL3建模的基本步骤，第二种情况:手动建模，MS建模小结Wendaoliuxu：为什么一定要算成键？我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等，从icsd导入后，相同两个样本，一个用calculatebond生成了键，另一没有，结果一模一样。若实在想把键都画出来，可以编程。比如A离子和B离子之间，若实际距离小于A离子和B离子半径和105％以
MS建模小结
Wendaoliuxu：为什么一定要算成键？我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等，从icsd导入后，相同两个样本，一个用calculate bond生成了键，另一没有，结果一模一样。若实在想把键都画出来，可以编程。比如A离子和B离子之间，若实际距离小于A离子和B离子半径和105％以上，则认为成键。
补充：关于ICSD和CCDC的安装和使用
ICSD请见本论坛xuejxfxmc的 CCDC请见本论坛geode整理的子资源最新整理及安装体会》
9、关于晶体参杂
Make P1，修改参杂原子。注意SuperCell的使及分数的确定是比较矛盾的，要好好斟酌。注意布里渊区的选定及合K做了纯晶体的Geometry Optimize的收敛性测定及误参杂。补充：建模时加入杂原子的方法
方法一：用鼠标点上将要被取代得原子（点上后原子颜色将变成黄色），在窗口的右边属性栏中，将会显示这个原子的相关属性，并告诉你这个原子的元素种类（比方是Al吧），然后点这个元素种类Al，将出现一个元素周期表，选择你要掺杂得原子，确定就可以了！方法二：建立完没有掺杂的晶胞后,选supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子,而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了
10、MS Castep进行结 利用Castep构优化时可不可以更改某一原子的占有率然后利用其它原子替代，比如一原子占有率为1改为0.95后，在同一位置放上另一原子占有率0.05结构优化可否运行下去？我这样计算试了几次老是出错！！！！
Atom occupancy
The vast majority of atoms will have an occupancy of unity. However, in the case of an atom on a partially occupied interstitial position, you can specify an occupancy ranging from 0.0 to 1.0.
Mixture atoms
Atomic sites in a crystal can also be described in terms of a hybrid atom that consists of two or more element types. The relative concentrations can be set for any number of atoms, but the total concentration must not exceed 100%. The mixture atoms description is the most often used representation of solid solutions, metallic alloys, disordered minerals, etc.
MS建模小结
如果做掺杂，通过建立超胞来取代，而不要更改占有率。占有率，适合于固溶体，金属合金,无序矿物。 超晶胞CASTEP优化的速率比占位取代Atom occupancy 要快。
至于优化失败，要根据错误提示察看原因。优化的时候固定所有原子的位置，选择optimize cell,然后设定优化的步数，CASTEP会算到设定的步数才停止。完事后查看.castep 文件，里面有各个步数的能量，导出后找出能量最小的一个。注意，优化完的那个构型并不是能量最低的构型，而是优化步数进行到最后一步时的构型！！！
11、用Materials Studio算晶体表面能
CASTEP计算的总能是一个相对值，一才有意义。 用MS里面的Inport晶胞进来，然后立自己的模型结构。然后把表面设成超元胞，注意加入真进行几何优化即可，需要注意这时的总能和同等原子的晶不是表面能，因为超元胞中存在着上下两 模于分子力场的，适宜大的系统和较大的量度与基于度的CASTEP有较大差距，但CASTEP难以系统。
12、建立晶体的模型步骤：
build/build crystal,弹话框按格参数填入。这个时候要选择空间群（group这个选项），这里注意，建时候要填入的是晶格参数，也就是a，后添添加时候要填入的是每个元素对应的坐标，也就是x,y,z，进行到这的结构就出来了。然后要点build/crystal/rebuild crystal；图形就了很多。按照教程所说，还要点build/symmetry/primitive cell
注意事经知道格参数（这点重要啊，开始不了解需要知道这个参数，走了一些）。建的时候犯了个错误，在add atom的时候没有注意弹出的对话框里有个Option选项，里面有个坐标要选分数坐标。所以，这里也要注意。
采用DMOL3建模的基本步骤
第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开MS，由file&import&structures&metals\&pure-metals&Fe导入Fe的晶胞。由build & Surfaces & cleave Surfaces打开对话框。在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选
MS建模小结
择position，其中depth控制晶面层数。进入build&Supercell，输入A 、B 、C的值，得到想要的超晶胞。到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择build&Crystals&build vaccum slab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build&Symmetry&Non-periodic Structure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。
第二种情况: 手动建模，优点是可控制晶格常数。
首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。打开build&Crystals&build crystals，可见到对话框。在对话框中选择空间群与点群，然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。然后打开中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全入前首先在option页面中选择coordinate system，或者分数坐坐标以下步骤重复2-5步。需要注意的是，采取什么团簇并意很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的查阅文献，参考文献上模型进行选取它型通实收敛的。
1．与高斯相比，大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇模型又比较，建如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以使用高斯2．的
研究金属表面时，团簇计算前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也人在，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化。 近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点，PRL，PRB，JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是要大很多。
需要注意的是，由于团簇计算方法没有考虑周期性，即在k空间里只计算了Γ点，采用该方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。
3．在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏上的Modify&Constraint实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中打勾。同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。
MS建模小结
关于计算参数设置
1. 主要有几个参数需要注意，对于Electronic页面，需要注意的是Core treatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用All Electron方法。其他几种方法任选。
Basis set应为DNP，Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度，一个较好的办法是先用粗糙的Basis set和Quality进行优化，然后再提高精度。
2. 还有一个非常重要的选项是Electronic&More&SCF里的Use smearing。这个关键字有助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。
其他的关键字可酌情设置。
包含总结汇报、党团工作、人文社科、办公文档、旅游景点、工作范文以及MS建模小结等内容。本文共2页
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