梦幻西游朱紫国紫阳药师那配药给国王吃怎么配啊？_百度知道
梦幻西游朱紫国紫阳药师那配药给国王吃怎么配啊？
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药师琉璃光如来本愿功德经讲义（文珠法师）
药师琉璃光如来本愿功德经讲义
药师琉璃光如来本愿功德经讲义目录
二、解释经题
三、介绍译者
四、叙述本经的缘起
（一）六种成就
（二）文殊启请
（三）释尊许说
五、正说如来的本愿
（一）生佛平等正报庄严愿
（二）身光破暗开晓众生愿
（三）智慧方便满众所欲愿
（四）令邪归正导小向大愿
（五）令修梵行得戒清净愿
（六）令诸残疾六根具足愿
（七）除病苦得身心安乐愿
（八）女转男身得满菩提愿
（九）化导魔外摄入正见愿
（十）解脱灾难令离忧苦愿
（十一）饥渴众生得妙饮食愿
（十二）贫乏众生得妙衣服愿
六、琉璃世界的庄严
（一）国土清净
（二）眷属庄严
（三）劝信愿生
七、本愿功德的殊胜
（一）闻名灭罪免堕恶道
（二）持名增福得生善处
（三）持咒治病终成菩提
（四）供养消灾获福免难
八、问答除疑劝信受
（一）问答决疑显能信希有
（二）结佛德无尽劝人生信
九、受持可延寿解难
（一）救病危得续命延年
（二）供养修福解诸厄难
十、药叉神誓愿护法
（一）药叉大将感恩护法
（二）释尊赞劝利乐有情
十一、问经名受持流通
（一）阿难请问经名
（二）大众信受奉行
药师琉璃光如来本愿功德经讲义
在佛所说的经典中，很多都显示世间无常，四大皆空，五蕴无我，教人提高警觉，展现理性，认识真我；免被假我的蒙蔽，与私欲的牵制，起惑作业，流转生死。所以一个真正学佛的人，不可以贪恋世间物质的享受，应该放弃个人名利财富的追求，收摄身心，远离五欲；然后以「寡欲知足，安贫乐道」的态度来修学佛法，谋求结束生老病死的痛苦，解脱种种烦恼的束缚。还要在不断提升自己的同时，推己及人，自觉觉他，利乐有情，希望「我与众生，共成佛道」。
唯独本经，特别重视人间福利事业的发展，以及致力解救人类种种灾难与不幸，先用权巧方便的手段，令众生所求皆遂，获得现生的福乐，在满足、富裕的环境中，过着平安快乐的生活；然后运用佛法的妙药，治疗众生累劫积迷的心病。既启发人的正智，教人知因识果，舍邪归正，止恶行善，免堕三恶道；又教人布施持戒，修习禅定，开发智慧，积聚福德，直至福慧具足，圆成佛道，与佛一样，平等无二。所谓：「先以欲钩牵，后令入佛慧。」使未能舍离五欲享受的富贵人家，也能发菩提心，行菩萨道，广修福慧，乃至得不退转，终证菩提；将世间可能障碍修行的名利财富，变作菩提路上的助道因缘，正是：「巧把尘劳作佛事」，打破一般人「富贵学道难」的观念，是何等的殊胜？可以说：本经是人类康乐富裕的宝库，是创造人间乐园的蓝图；亦是建设人间佛教的基础，是通往菩提觉道的桥梁。我们欲想推动佛教济世益群的事业，令所有人都消灾障，增福寿，健康富裕，身心安乐，固然要受持读诵本经；欲想建立人间佛教，促进人性的觉悟，令所有人都开佛知见，断烦恼，了生死，成菩提，究竟离苦得乐，更要受持读诵本经，以及修学本经所说的药师法门。
二、解释经题
阿难请问经名，释尊答此经名有三：一名《说药师琉璃光如来本愿功德经》；二名《说十二神将饶益有情结愿神咒》；三名《拔除一切业障》。中文各种译本，经题虽有出入，但大都不离第一名题的范围。今依玄奘法师的译本，经题是：「药师琉璃光如来本愿功德经」。药与琉璃光是譬喻，师与如来是人，本愿功德是法，故本经的别题，在三单(单人、单法、单喻)，三复(人法、人喻、法喻)，具足一(人、法、喻)的七种立题规则中，是具足人、法、喻三种而立名。
梵音「鞞杀社窭噜」，义译名「药师」；药有治病之功，师有教导之义，故凡能知药，能配药，能教人用药治病的人，皆可以名为药师或医师。药有良药，有毒药，也有无上的法药。能解除病苦，有益人身心的是良药；损人健康，危害人生命的是毒药；不止治标，还能治本，令人身心康复的是法药。医有庸医，有良医，也有无上大医师。精通医术，能对症下药，药到病除的是良医；医术不精，用药不当，损害病人健康的是庸医；若能知病知药，标本俱治，身心兼顾，令人身心都健康的，就是无上大医王。
药师如来，不仅知法知机，知病知药，而且能对症下药，既可以医治众生生理上的种种疾病，还可根治众生心理上无明烦恼的旧患。可以说：无病不医，无疾不治，无苦不拔，无乐不与；标本俱治，令人色身健康，慧命增长，甚至法身康复，故名「药师」，用以譬喻佛悲心救苦的德行。
梵音具足言：「薜琉璃，?喇婆喝啰阇也」，略称「琉璃」，是一种青色宝，其体质坚固，其色如蔚蓝的天空，又如澄清的海水，内外明彻，光能照物，因名琉璃光；用来譬喻佛由般若智光，扫除无明惑染的黑暗，照彻真如法界，亲证诸法实相理，理智合一，光明遍照。此理智合一的心光，又名无分别智，佛依此无分别智，能出生分别一切差别相的分别智(后得智)，故此心光，又名根本智。药师佛以根本智证实相理，得佛果菩提；用后得智入俗利生，分别众生不同的个性与病情，而施与种种不同的法药，能够彻底拔除众生身心的重病，故名「药师琉璃光」。
「如来」，梵音「怛他揭多」，是佛十种通号之一。诸佛共证真如理，佛佛道同，谓之「如」；诸佛无不倒驾慈航，来人间说法利生，示现有生灭去来，谓之「来」。在药师佛言：「如」是指琉璃光，譬喻佛智证理，如同十方诸佛；「来」是指药师，表示佛本慈悲心，来入世间救济众生，施与种种法药，普令众生，离苦得乐；故药师琉璃光如来的名号，正是显示佛超越的智慧，与广大的慈悲。
又药师是解脱德，琉璃光是般若德，如来是法身德；法身是体大，般若是相大；解脱是用大。药师如来成菩提时，圆证三德，具足三大，但三大不离一心，一心具足三大，三一圆融，不可思议，因此佛名：药师琉璃光如来。称念佛名的人，可以消灾障，增福寿，故又名消灾延寿药师佛，但我们持名念佛时，应该念「南无药师琉璃光如来」。
「本愿功德」，是指佛因中行菩萨道时所发的誓愿，及其由愿行功力，所成就佛果上的功德。诸佛因中修行所发的誓愿，有通有别，通则指四弘誓愿，即：「众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断；法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。」以及《十地经》所说，菩萨应发供养、受持、转*轮、修二利行、成熟众生、承事、净土、不离、利益、成正觉等十大行愿。别是指诸佛修行时，个别所发的宏愿。如千手观音的六愿及十愿，普贤菩萨的十大愿王，又如阿弥陀佛的二十四愿与四十八愿，释迦牟尼佛的五百愿，以及棠药师七佛如来的四愿，八愿，十二愿，乃至十方诸佛，各有其基本不同的宏愿，谓之本愿。
本愿，必须修诸功德，凭借种种功德的力量，方可得遂本愿，所谓：「以愿导行，以行满愿。」如是愿行相扶，始可成就功德；若然有愿无行，则愿属虚发，无济于事。但行有正行，有助行，有共同的修行，亦有个别的修行；诸佛菩萨因中修行，除同发四弘誓愿，共修学六度、四摄等大乘法门外，还依据本愿个别而修行，是以成佛时其证理虽然一致，但其依正庄严，种种殊胜功德，却彼此互异，故言：「本愿功德」。药师如来，既发十二大愿，又能依愿起行，由愿行的功力，圆满成就佛果上的殊胜功德；所以本经的别题，是《药师琉璃光如来本愿功德》。
「经」之一字是通题，通于佛所说的一切经典。梵言「修多罗」，译名「契经」，意思是凡佛所说的一切言教或身教，无不上契十方诸佛所证的真理，下契一切众生的根机。以其契理故，放之四海而皆准；以其契机故，历万世而恒新。不因时代的转变而被遗弃，不因地理环境的互异而不适应；永远能作为众生的模范，社会的轨则。若然人皆能以佛法，作为生活的指南，以佛教的真理，作为社会的规则，一定可以远离罪恶，拋弃灾难，令社会安定繁荣，使群众幸福快乐。特别是若能依照本经所说的法门，如法受持，则无论是任何时代，任何国家，任何种族，都可以所求皆遂，遇险得救，遇祸成祥，甚至消业障，增福寿，成佛道，究竟离苦得乐，故名《药师琉璃光如来本愿功德经》。
药师琉璃光是教，如来是理，本愿功德是行，由万行之因，而成就佛道的殊胜功德是果；是以本经的经题，概括教、理、行、果。教是了因佛性，理是正因佛性，行是缘因佛性。正因虽然本具，但必须由缘了二因方显；故本经所显的理体，是以药师如来全性起修，全修契性，性修不二为主体；以福慧二严，成就佛道为宗旨；以灭恶生善，拔障利乐为功用；以方等为教相。
三、介绍译者
唐三藏法师玄奘奉诏译，是本经的译题。唐，是译经时代，指中国唐朝；三藏法师，是译经者的德号；三藏，指佛所说的经、律、论三大类的圣典。经能令人明心见性，属定学；律能规范人的三业，属戒学；论能令人分辨邪正，属慧学；戒定慧三学，是佛法的总纲，故举三藏即总括全部佛法。今言三藏法师，意思是说：翻译此经的人，并非普通一般的译师，而是能够精通经、律、论三藏经典，自己以三藏佛法为师，又能弘扬三藏佛法，为人天之师的大法师。
玄奘，正是三藏法师的名号，本经的译者。关于唐三藏西天取经的故事，在中国旧社会中，妇孺皆知。不过传说中的玄奘法师，与佛经记载颇有出入，在本人拙作《一个伟大的留学生》中，曾将其伟大的事迹介绍相当详尽。法师俗姓陈，是中国河南人，出身于书香门第，幼年即聪慧好学，自从跟二哥长捷法师出家后，即遍参名德，研究经论，因当时佛教宗派很多，传授各异，深感困惑，于是立志亲往印度游学。在中国唐朝贞观元年，偷度玉门关，爬雪山，越峻岭，历尽艰辛，终于到达印度，遍游诸国，苦学十多年，然后于唐贞观十七年间，荣誉归来，即奉唐太宗之命，在长安弘福寺，展开翻译经典的工作。先后译出经典共七十三部，一千三百三十多卷，与旧译泰斗罗什法师，平分译经天下，在译经史上，写下光辉灿烂，永垂不朽的一页。此经是在当年奉皇帝的命令而译的，因言：「奉诏译」。
本经翻译为中文，共有五种译本：
一、是中国东晋时代，吉友法师初译此经：名「佛说灌顶拔除罪过生死得度经」，无独立本，是附加在「佛说灌顶大神咒经」中，属最后一卷。
二、是中国南北朝孝武帝时代，慧简法师在鹿野寺再译此经，名「药师琉璃光经」，但已失传，不过在古藏经目录中，尚载其名，又在第三译本序文中，亦曾述及此事，故信有此译。
三、是隋朝文帝大业十一年间，法护法师因慧简法师，梵文译华语欠佳，故复译此经，名「佛说药师如来本愿功德经」。
四、是唐朝玄奘法师，奉唐太宗之命，又译此经，名「药师琉璃光如来本愿功德经」。
五、是义净法师于遍游印度归来时，复译此经，名「药师琉璃光七佛本愿功德经」。其内容与奘师所译的互有出入，特别是详载佛说七佛名号，及其本愿功德，依正庄严等，则为奘师译本所无。
原因是七佛因中行菩萨道时，所发宏愿，虽然数目不等，但同是注重人间资生事业与现世福乐，同是本其慈悲愿力，消众生的业障，救众生的病苦，除人间的种种灾害与祸患，令众生转疾病为安康，转祸患为吉祥，免诸苦难，增福延寿，因此同名药师佛，又名药师七佛如来。而药师琉璃光如来的十二大愿，已包括前六佛所发的四愿与八愿，是以奘师略而不译。由于中国人喜欢简略，故玄奘法师的译本，在中国弘传至广，现在讲解此经，就是采用玄奘法师的译本。
四、叙述本经的缘起
（一）六种成就
如是我闻，一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大苾刍众八千人俱；菩萨摩诃萨三万六千；及国王、大臣、婆罗门、居士、天龙八部、人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
讲解此经，可分为序分，正宗分，与流通分三大段。自如是我闻以下，是序分；自佛告曼殊室利东方去此以下，是正宗分；自「尔时，阿难白佛言：世尊！当何名此法门」以下，是流通分。
序分中又可分为通序与别序，通序又名证信序，用以证明此经的真实性；别序，是说明佛说此经的因缘。以上这段经文，属于通序，亦即是六种成就。「如是」是信成就；「我闻」是闻成就；「一时」是时成就；「薄伽梵」是说法主成就；「游化诸国，在广严城乐音树下」，是处成就；「与大苾刍众八千人俱。…」以下是众成就。如是以信、闻、时、主、处、众等六种成就，证明此经确实是佛金口亲宣，是阿难亲从佛闻。如现代的会议纪录，必须要纪录开会的时间、地点、出席人数、主席、书记，以及讨论的议案等等，以示有史实可查，以取得大众或后人的信任，甚至可作为法律效用的依据。
「如是我闻」，是阿难秉承佛嘱，在结集佛经时，一切经的开始，皆用「如是我闻」四个字，以异外道典藉，以释争端，以除众疑。意思是说：如此经中所说之法，是我阿难亲从佛处得闻，非辗转传说，途听道闻，或从天魔外道处得闻。又「如」是约诸佛所证的真理，「是」是约诸佛所说的言教；诸佛所说的言教，一定契合诸佛所证的真理，值得我们绝对的信任，故言如是。
「我」有妄我，神我，无我，假我，真我，及自在我等不同。凡夫执相迷性，妄认四大五蕴组合而成的色身为我，其实此五蕴色身，缘聚则生，缘散则灭，生灭无常，幻妄不真，只是迷情众生妄想执着而已，故谓之妄我。
外道于组合色身的五蕴法中，一一妄计有四种我：例如于色蕴中，执即色是我，或离色是我，或我大色小，色在我中；或色大我小，我在色中。其余受、想、行、识，亦如是分别计执。又过去有我，现在有我，未来有我，再加断常二见，共成六十二种神我。
出世二乘圣人，知道四大皆空，五蕴无我，破我执，证偏空理，谓之无我，是约真谛理言。
菩萨虽知五蕴无我，但为了入俗利生，不妨以「我」为五蕴和合假相的代名词，随顺世间，假名为我，是约俗谛理言。
诸佛菩萨，亲证诸法实相理，真俗圆融，空有不二，是即法身真我。
诸佛果后施教，从体起用，分身尘剎，现大现小，一多无碍，是自在我。
今阿难称我，若论本门，该是法身真我，若在?门，该是假我。
「闻」是耳根与声尘对立，引发耳识闻音，加以意识了别音义而成闻。在世俗谛言，六根与六识只是个人的别相，我则是六根六识的总体，因此，不说耳闻而言我闻。
「一时」，是明佛说此经之时。因为世界各地，区域不同，历法不一，年月日时，随之而异；何况佛说法有时在人间，有时在天上，或在龙宫，各处时差距离甚大，故佛经往往不说某年某月某日，仅以一时二字，概括佛开始讲此经，直至法会圆满结束的那一段时间，总名一时。
「薄伽梵」是梵语，简译为世尊。有人认为佛的十种通号，是由如来计起，至佛字止，世尊二字，则是总称佛的德号。因为「薄伽梵」含有尊贵、吉祥、端严、炽盛、名称、自在等六义，属于多含不翻，故此经保留原音。
「游化诸国，至广严城，在乐音树下。」是指佛说此经的地点。释尊最初在菩提树下，成等正觉，于三七日中，为法身大士，说华严大教之后，为接引钝根小智人，即隐实施权，到鹿野苑，为五比丘三转四谛十二行*轮，然后游化摩竭陀，迦兰陀…等十六国，有一次来到「广严城」。广严城梵语是毗舍离，因此国地广物丰，亭台楼阁，市容庄严；而市民既生活富裕，又能以道德学问严饰自己，因名广严。当时佛是住在此城外的「乐音树下」。此处属于郊区幽雅别致的树林，微风吹来，树枝作出种种自然音响，犹如天人奏乐，令人喜欢乐闻，因名乐音树；佛于此林间停留，在树下结跏敷坐，故言「住乐音树下」。
「与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨，…」以下是引法会大众为证。其他诸经，不止举其类，明其数，还列其名，如《阿弥陀经》，列长老舍利弗，摩诃目犍连等；《楞严经》则除举类明数外，还显其位，叹其德，然后列其上首之名；今此经但举类明数，不列其名。大苾刍是小乘的一类，菩萨摩诃萨，是大乘的一类，国王大臣等是人天乘的一类。
「苾刍」，是比丘的异译，含义与比丘同，含有乞士、怖魔、破恶等三义，属于多含不翻。又《大智度论》言：「苾刍」是印度一种草名，此草具有五种特性：一体质柔软，譬喻出家人能折伏粗暴行为，身心柔和；二蔓延四周，譬喻出家人能传法度人，连绵不绝；三馨香远闻，譬喻出家人戒德芬芳，为众人所闻；四能治疗痛症，譬喻出家人能断烦恼，贪瞋不起；五不背日光，譬喻出家人常向佛日，智慧光明。因此出家男众名苾刍，女众名苾刍尼。
「众」即是和合众，是僧伽的译义，此八千人等不止能修事和(见和同解，戒和同修，意和同悦，口和无诤，身和同住，利和同均)，且已同证理和，转凡成圣，得四果，证?盘，为众比丘的上首，故言大比丘。其实，当时共同聚集在乐音树下的比丘众，不止八千之多，今但举其年高德长，已断烦恼，证阿罗汉果的大比丘为代表，故言「大比丘众八千人俱」。此外，亦应该有比丘尼众，不过在出家五众中，以比丘为主体，故但举比丘为出家众的代表。
「菩萨摩诃萨」，是一类能绍隆佛种，助佛转*轮的法身大士。梵言「菩提萨埵」，译名觉有情。凡已经觉悟佛性本具，又能发心上求佛道，下化众生的有情，皆可称为「菩萨」，所以菩萨有初发心的凡夫菩萨，亦有浅位的与深位的圣人菩萨。今言摩诃萨，简非初发心的凡夫菩萨，亦非位在十住、十行、十回向三贤位的浅位菩萨，而是已登十地，甚至证等觉的深位菩萨，故言：「菩萨摩诃萨」。此等为菩萨众代表的大菩萨，其数共有三万六千之多。当然，亦有其他无量无数的菩萨在座。
「国王，大臣，婆罗门，居士」，是在家的佛弟子。国王是一国之主，大臣，是国王的辅助，包括文武百官在内。婆罗门译名净裔，是佛未出世之前，印度四种阶级中，最权威的宗教家，专门执行祭祀的职务，由于当时印度社会，极度重视拜祭，因此产生一类地位特殊的祭师。居士，是拥有无量财富的资产阶级，为工商界的领袖，属于当时社会的优秀份子；不过中国每称在家学佛的人为居士，意思是居家之士，是不符合居士原本的意义的。现只举出在座有地位、有份量的人，作为人乘的代表，至于其他参与法会的群众，当然还有不少。
「天龙八部」，是人乘以外的众生。天有欲界、色界、无色界之别，三界共有二十八天。龙有四种：一是守天宫殿的龙，不落人间，二是能兴云致雨，利益人间的龙，三是能决江开渎的地龙，四是守护转轮圣王及大福德之人的宝藏之龙。不管是天龙地龙，都是畜生道中有不可思议神力，能护天，护人，以及拥护佛法的一类。
八部，是在天龙二部外，加药叉、干达婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩?罗伽等六种异生，合名八部。国王大臣等是人，天龙药叉等属于非人，故言「人非人等」。人是诸佛主要教化的对象，非人是一类曾经接受佛法熏陶，发愿护持佛法的善神。如是无论是小乘、大乘、人天乘，以及天龙八部，都有无量众多，随佛住在乐音树下，态度恭敬，内心尊重，散布在佛的四周，围绕着佛，希望佛为他们宣说微妙的法门。
（二）文殊启请
尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌，白言：世尊！惟愿演说，如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德；令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时，诸有情故。
这段经文是本经的别序，叙述本经发起的因缘。尔时，即无量大众，围绕于佛，渴望佛为他们说法之时；法会中有一位菩萨摩诃萨，名曼殊室利法王子。新译名曼殊室利，与旧译文殊师利，只是译音稍异，译义同是妙德，或名妙吉祥。法王是佛的德号，在法华经中佛言：「我为法王，于法自在。」法王子，是指能荷担如来家业，绍隆佛种的大菩萨；如国王的太子，将来一定可以继承王位一样。因为此经所说，是佛果依正庄严，及诸佛果上教化众生的利他功德，非法王之佛不能说，非智慧第一的法王子不能问，是以文殊师利菩萨，承佛威德神力所使，即从座位而起，「偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵，曲躬合掌」。印度的服装，平时遮盖两肩，当礼佛，或请佛说法时，就要偏袒右肩，同时右膝着地，以表示恭敬尊重。
若然在表法言：承佛威神，是表示依体起用；从座而起，是表示从空涉有，入俗利生；偏袒右肩，是表示上承佛德；右膝着地，是表示下济有情；曲躬低头，是表示愿意顺从佛的意旨；合十指掌，是表示愿意实践施、戒、忍、进、襌、慧、方、愿、力、智等十度，福慧双修。
曼殊菩萨在请佛说法之前，先称一声「世尊」！表示至诚亲切。「惟愿」，意思是说：我此刻心中唯一的愿望，就是请佛「演说如是相类」的「诸佛名号」，以「及」诸佛原「本」因地所发的「大愿」，与其所成就佛果上的「殊胜功德」。为甚么？因为希望「令诸闻者，业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情」的缘「故」。
文殊菩萨说明启请的原因，是为了利乐被业障所缠的众生，令末法时代，一切有情，皆得业障消除，获得身心安乐的利益；由是可知，文殊菩萨的启请，纯是出于大智与大悲。以其大智故，深知佛灭度后，由像法转入末法时，众生业障深重，特别苦恼，必须救济；以其大悲故，非常悲悯同情，末法时代的苦恼众生，希望拔众生的苦，与众生的乐；然欲想究竟拔苦与乐，就要仰仗诸佛的慈悲愿力，及其由愿力所成就的殊胜功德。因此，恳请释尊演说：「如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德。」
「如是相类」，有通有别；通是通于其他经典所说，如是相类似的佛号，及其功德；别则是指本经所说的，药师七佛如来的本愿功德。本经下文说：「亦如西方极乐世界，殊胜功德，等无差别。」据此可知，释尊在说此经之前，曾说阿弥陀佛等诸佛名号，及其大愿与功德，如是互相类似的法门。因为药师弥陀，利生的方便，虽然偏重于现生与后世不同，但同是因中发愿，严净国土，成就众生，拯救有情，超出六道轮回的无上大愿王；琉璃极乐，同是七宝所成，功德庄严，众生生者，皆是宝华化生，具足大丈夫相，无有众苦，但受诸乐，得不退转，终成佛道的清净佛国土。释尊慈悲，悯物长迷，不仅开示弥陀法门，教念佛众生，厌离娑婆，求生极乐；横出三界，揖别生死。同时还要演说：药师法门，令受持者，得现生福乐，业障消除，不堕恶趣，乃至证得无上菩提。令娑婆世界的苦恼众生，生前死后，都有真正归依处，都可以离苦得乐；不致永劫沉沦生死，被困六道。文殊师利菩萨，深深体会佛意，并承释尊慈悲愿力所驱使，起座启请，故释尊即为我们演说：药师七佛如来的本愿，及其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
因为药师七佛如来，因中行菩萨道时，所发别愿，相互类似，同是正视人间疾苦，而思以救济的大乘行者；同是发愿当来成佛时，令闻名、称念、礼拜、供养的众生，即得业障消除，却病延年，所求皆遂的菩萨摩诃萨；同是成就佛果殊胜功德，而能运用种种权巧方便，先令众生获得现生福乐，身心健康，然后启发众生的心智，导众生舍邪归正，去恶修善，乃至证得佛果菩提的无上大医王。可以说：药师七佛如来，因中发愿，以及果上利他功德，都共同互「相类」似，故如是相类等四句，是别指药师七佛如来，及其因中所发的宏愿，与其本愿所成就佛果上种种殊胜的功德。
「令诸闻者业障消除，为欲利乐，像法转时诸有情故。」此正是文殊菩萨，请佛演说诸佛名号，本愿功德的主要目的。佛经言业障，是包括烦恼障与报障。众生由贪、瞋、痴、慢、疑、邪见等六种根本烦恼，引发种种不良的心理，障蔽心智，不明事理，不信因果，是烦恼障；人因烦恼的扰乱，头脑昏昧，心神不宁，导致种种不合理的行为，形成种种不良的习惯，障碍止恶修善，谓之业障；再由不善的恶业，招致众苦交煎的果报体，障生善处，障修佛道，长期沉溺六道生死，求出无由，是名报障。如是惑业苦三，循环不息，众生也就不可能抗拒不幸的命运，而要接受种种灾害与苦难。所以我们欲想离苦得乐，首先就要消除业障；然欲想消除业障，非仰仗诸佛本愿功德不可。
佛灭度后，正法住世可分为三时五期。三时即是正法壹千年，像法壹千年，末法壹万年。正法时期，佛教僧团，一切如法，有修有证，与佛在世无异；像法时期，出家修行的人多，得证圣果的人少，徒具形象，实已失真；末法时期，众生善根短少，业障深重，加以魔强法弱，佛教团体，大都份不务真修，莫论证圣。此三时中，可分为五期：最初五百年，正法盛行，有修必证，名解脱坚固时期；第二个五百年，修习禅定的人多，获得解脱的人少，名禅定坚固时期；第三个五百年，像法开始，人多舍禅定而好多闻，研究经典，执着语言文字，有解无行，名多闻坚固时期；第四个五百年，禅教俱衰，解行都无，人多不学习无漏法，但事有漏行，力修寺庙，建塔造像，以求人天福报，名福德坚固时期；第五个五百年，学佛的人，我执炽盛，宗派林立，党己非他，横生争端，名斗争坚固时期。今言「像法转时」，即由像法转入末法时期，亦即由福德坚固时期，转入斗争坚固时期，众生被业障所缠，众苦交煎，无法自拔。曼殊室利菩萨慈悲，为令末法众生，得闻诸佛名号，称念，礼拜，供养，即得业障消除，获得学习佛法的利益，甚至证得佛果无上菩提的究竟快乐；故请释尊演说，诸佛名号，及其本愿功德。
（三）释尊许说
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲，劝请我说，诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐，像法转时诸有情故；汝今谛听，极善思惟，当为汝说。曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻！
文殊菩萨，过去成佛名「龙种上尊王佛」，现在于北方常喜世界成佛，名「欢喜藏摩尼宝积佛」，未来成佛，名普现如来。原是诸佛之母，菩萨之师，经言：「文殊师利大圣尊，一切菩萨诸佛母；十方如来初发心，皆因文殊教化力。」今隐实施权，现菩萨身，协助释尊教化。此经前文称为「法王子」，今又被称「童子」，意思是表示，文殊菩萨的般若智慧，圆明独照，无诸杂染，既能荷担如来家业，亦如童子的纯洁天真。又诸佛菩萨教化众生，随类应化，身相不定，文殊菩萨喜欢现童子身，天真无邪，智慧灵巧，满怀热情，仁慈济物，令人喜欢亲近，承受教化，故被称为「童子」。因为文殊菩萨的启请，既可以利益末法众生，又契合诸佛慈悲济世的本怀，故佛双赞「善哉」。
缠是缠缚，众生被自己多生多世，所作的种种业力牵制，犹如被绳子缠缚，失去自由，不得解脱一样，极急于需要诸佛菩萨的援助与救拔。今文殊菩萨，基于大悲愿力，为救拔被业障所缠的众生，请释尊演说诸佛圣号，及其本愿所成就的功德，令闻者依法修行，即可解脱业力绳子的束缚，获得生命的自由与安乐。故佛赞叹其问得非常恰当之后，再叮咛嘱咐文殊菩萨，要专心一意，集中精神「谛听」，同时还要善于思量考虑，运用智慧来辨别，抉择，所谓：「慎思明辨」，以获得深刻的理解与利益，然后许为宣说。
曼殊菩萨既蒙释尊赞叹，叮嘱劝勉，许为宣说，即满怀喜欢的回答：当然啦！世尊的教诲，我们当然唯命是从，但愿我佛慈悲，立即宣说，我等在会大众，是非常喜欢乐意听闻的。
以上是本经的别序，叙述本经发起的因缘，是由于文殊菩萨的启请，故佛说此经，可以说：文殊菩萨是此经的发起众。
五、正说如来的本愿
佛告曼殊室利，东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
现在开始，进入本经的正宗分，释尊因曼殊室利菩萨的启请，正式开始宣说本经。此段经文，显示本经是以药师佛，果上依正庄严的功德，及其成就依正庄严功德的本因愿行为主体。
在义净法师所译「药师琉璃光七佛本愿功德经」的经文中，详述佛告曼殊室利，东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名光胜，佛号善名称吉祥王如来，…彼佛如来，从初发心行菩萨道时，发八大愿，……。
又东方去此，过五殑伽河沙佛土，有世界名妙宝，佛号宝月智严光音自在王如来…，初发心行菩萨道时，发八大愿，…。
又东方去此，过六殑伽河沙佛国土，有世界名圆满香积，佛号金色宝光妙行成就如来…，初发心行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过七殑伽河沙佛土，有世界名无忧，佛号无忧最胜吉祥如来…，彼佛世尊，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，过八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛号法海雷音如来，…彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，九殑伽河沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来…，彼佛如来，行菩萨道时，发四大愿，…。
又东方去此，十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，…彼佛世尊，从初发心行菩萨道时，发十二大愿。
玄奘法师既然认为，药师琉璃光如来的十二大愿，已概括善名称吉祥王如来等六佛的四愿与八愿，故仅译药师如来的十二大愿，作为药师七佛如来的代表。是以本经一开始，就是佛告曼殊室利：「东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来。」
「东方」是群动之首，日出之初，象征着朝气与光明。「殑伽」是印度四大河流之一，旧译名恒河，此河沙细如面，其数多而不可数；当年，释尊常在恒河流域一带说法，每喜欢引用恒河之沙，以譬喻极多之数量。
「佛土」指一佛所教化的国土，亦即是三千大千世界。今以一沙一世界言，从此娑婆世界的东方去，要经过十个恒河沙数之多的佛世界，然后有一世界名净琉璃。可知此世界距离我们是何等的遥远，比较起来，过十万亿佛土的西方极乐世界，就近得多了。又国土是十法界众生依止之处，可分为凡圣同居土，方便有余土，实报庄严土，与常寂光土等四种；净琉璃世界，是属于实报庄严土。
世界名净琉璃，顾名思义，可知此世界是极其清净，特别庄严。因为净琉璃世界，不止是以琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩窗罗网，皆七宝成，而且其国中有情，纯是大丈夫相，无有男女的差别现象，无有四恶趣的众生，连因不如意所发出的苦恼音声亦不可得，「亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。」所以净琉璃世界，是属于东方的净土。
净琉璃世界的教主，名琉璃光如来；净琉璃世界是依报，琉璃光如来是正报。佛以琉璃光的般若智，照实相理，智理一体，心境一如，光明遍照，清净无染，约所证境言，名净琉璃世界，约能证智言，名琉璃光如来。
「如来」，是佛十种通号之一，是仿同先德号：意思是说，今佛出世，如同古佛再来。又诸佛所证不生不灭的实相理体，即是众生本具的真如自性，此性三世不迁，四相不改，在圣不增，在凡不减谓之如；体虽不变，而用能随缘，众生随迷染之缘，而漏落生死，诸佛随悟净之缘，而成正觉。诸佛因悲悯众生，迷而不觉，枉受生死，故来世间，说法利生谓之来。
「应」，即应供，是堪为福田号。因为佛已经惑尽智圆，堪受人天的供养。
「正等觉」，即是正遍知，是遍知法界号。佛以实智证理究竟，是正知，以权智通达法界依正因果等事相，是遍知，权实不二，名正遍知。
「明行圆满」，亦称明行足，是果显因德号。明是智慧，行足是福德，佛以福慧二严，成无上道，显示因地福慧双修，圆满具足，故又名两足尊。
「善逝」，是善住菩提号。逝即逝世，六道众生，背觉合尘，作善恶业，被业所牵，长住生死，来去不得自由，是不善逝；二乘圣人，虽断分段生死，变易尚存，住有余?盘，亦非善逝；诸佛五住烦恼净尽，二死永亡，虽常住菩提觉道，但为利益众生，倒驾慈航，随流九界，非生示生，非灭示灭，来时乘愿而来，去时自知时至而去，来去自由自在，因名善逝。
「世间解」，是达伪通真号。佛具十智，了知世间诸法，相妄性真，事理性相，通达无违。
「无上士、调御丈夫」，是摄化从道号。普通人以足智多谋，文武双全谓之士，勇敢无畏，能担当重任谓之大丈夫。在佛法言：但求自利是下士，自利兼他是中士，广修六度四摄等法门，利益众生是上士，二利究竟，万德具备，名无上士。诸佛具足十力、四无所畏，悲智双运，慈威兼施，能调御降伏刚强众生，摄化一切有情，令凶恶者变为良善，令顽固者变为驯服，接受教化，归向佛道，因名无上士、调御丈夫。
「天人师」，是应机受法号。佛是三界导师，四生慈父，人天无不以佛为师故。
「佛」，是三觉圆明号。佛以始觉智，证本觉理，究竟觉悟故。又名觉悟归真号，佛以自觉万法惟心，心外无法之理，遍觉一切众生，二利成就，修证究竟，回归真如自性故。
「薄伽梵」，具有端严、名称、炽盛、吉祥、尊贵、自在等六义，属于多含不翻，简译名世尊，是十界独尊号。因为佛智是十法界之最，佛德为一切世间所尊故。
以上十号，通于十方三世诸佛，谓之通号。药师琉璃光，是佛的别号，今通别并称，故言：「佛号药师琉璃光如来，应，正等觉，明行圆满，善逝，世间解，无上士，调御丈夫，天人师，佛，薄伽梵。」
「彼世尊」，是指药师如来，以释迦世尊是此土的佛，故药师如来是彼土的佛。彼土药师琉璃光如来，原本从凡夫开始，发菩提心，「行菩萨道时」，即「发十二大愿」，而此大愿，既不同于凡夫，但求人天福报以自利；不同于二乘，但求出三界，了生死；亦不同于阿弥陀佛，严净国土，成就众生；也不同于释迦牟尼佛，能于五浊恶世，教化众生，开佛知见；而是愿意满足一切众生的希望，「令诸有情，所求皆得。」十二大愿是佛因中修行所发的别愿，「令诸有情，所求皆得」，是成佛后由本愿行功德力的实现。
（一）生佛平等正报庄严愿
第一大愿，愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身，令一切有情，如我无异。
「阿耨多罗」，译无上，「三藐三菩提」，译正等正觉，是佛果菩提的通称。正等是平等的真理，正觉是无分别智；菩萨修行，功圆果满时，以无分别的般若智，证平等不二的真理。此平等的真理，虽然生佛平等，圣凡无二，但众生迷而不觉，外道觉而不正，二乘正而不等，菩萨之觉，虽正又等，但非无上，唯佛以如如智，证如如理，既正且等，九法界众生，无能过之，故言：「无上正等正觉」。当佛由始觉智，证本觉理，究竟觉悟之时，名「得阿耨多罗三藐三菩提」，即亲证法身。
「自身光明，照耀无量无数无边世界」，是指佛的自受用报身。佛的自受用报身，是由无量功德智慧生，属于佛果无漏不可思议的境界，非一般凡夫俗子可能理解，唯佛与佛能知。但诸佛为教化地上菩萨，往往现出他受用报身，光明炽然，尽虚空，遍法界，无所不照，故言：「自身光明，照耀无量无数无边世界」。
「以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身」，是指佛的应身。不但诸佛具足三十二大丈夫相，释尊的亲弟阿难陀，以及转轮圣王、梵王、帝释，都具有此大丈夫之相。至于八十种随形好，则是诸佛因中「三祗修福慧，百劫种相好」，所得的果报，唯佛具足，非一般凡夫或三乘圣众可能拥有。
今药师琉璃光如来，因中行菩萨道时，发第一个大愿，就是希望自己将来成佛，三觉圆明，三身具足，证得佛果无上正等正觉时，亦令一切有情，共成佛道，同证三身，与自己一样，等无差别。因此，得生其净琉璃世界的众生，虽然未尽断烦恼，未证佛道，但由于药师如来原本愿力功德的加持，皆于杂色宝华中化生，都具足三十二大丈夫相，正报庄严，与佛无异。
（二）身光破暗开晓众生愿
第二大愿，愿我来世，得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
药师如来行菩萨道时，发第二个大愿，是希望将来成佛，证得无上正等正觉时，内在的智慧光明，能照彻法界(自受用身)，外在的身相光明，能照应大机，(他受用身)，犹如琉璃宝，晶莹皎洁，「内外明彻，净无瑕秽」，而且功德庄严，好象须弥山王一样巍然矗立不动。由于佛的报身「光明广大」，普照无涯，周遍法界，所发出的光焰炽烈，互相映照，结成光网，药师如来所应化的琉璃光身，善于安住于此，由无量光线所组成光辉灿烂的焰网之中，故其光明，超「过于日月」。不止照耀无量无边世界，同时照耀常处于幽冥中的地狱众生；令人间天上，及恶道众生，凡接触佛的焰网光明，「悉蒙开晓」智慧的心眼，皆可以照破内心无明烦恼的黑暗，使众生在佛光与自已智光的照耀中，明白真理，认识自己，走向光明，进入菩提觉道。在菩提觉道上，随各人的意志，去作各种有益身心，有利群众的事业；或随各人的善根福德因缘，实践六度万行，广修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上两愿，是着重自他佛道的证得，是依四谛中的灭谛而发的大愿。
（三）智慧方便满众所欲愿
第三大愿，愿我来世，得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽，所受用物，莫令众生，有所乏少！
自此至以下第五愿，是依道谛而发的宏愿。道，是佛弟子所修学的法门，广则无量，所谓：「法门无量誓愿学。」略则可以说是三十七道品，再略则不出戒定慧三无漏学。此第三大愿，是依道谛中的慧无漏学而发。
智慧是实智，属于体；方便是权智，属于用。如无智慧的实体，则无以起方便的妙用；若无方便的妙用，则无以显示智慧的实体。今药师如来发愿，得菩提时，以实智证理，以权智鉴机，从体起用，运用种种善巧方便，利益有情。
量谓衡量、计量、度量、测量，凡衡量物之轻重，计量物之多少，度量物的长短，测量物的大小、浅深、厚薄，皆名之为量。「无量」，是已经超越世间事物的大小、多寡、长短、浅深、厚薄，如《摄大乘论》所言：「不可以譬类得知」。边谓边际、边缘、边界等；物与物之间有其边际，人与人之间有其边缘，国与国之间有其边界。「无边」，是已经超越世间任何人与物的边际、边缘与边界。
佛的智慧言：「无量无边」，因为佛以般若智，证实相理，此理离言绝相，不落边际，既非凡情可计算测度，亦非小乘圣人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是无量无边。药师佛从无量无边的智慧，所起的方便妙用亦无量无边，故能普令一切有情，「皆得无尽所受用物」。
「所受用物」，即是我们日常生活所需要的资生之物，例如衣、食、住、行、医药、卧具、娱乐等，都是人类生活中，不可或缺的物质享受。若然缺乏或短少，必然群起而争，争必乱，何止损害群众，危及社会，而且因此作诸恶业，流转生死，招致无穷无尽的苦恼。药师如来，为了取消人类现实生活的贫穷困苦，给予人类无穷无尽的享乐，更为了拔除众生永劫沉沦生死的苦恼，给予众生法身慧命无穷无尽的寿命，所以从无量无边的智慧，运用无量无边的权巧方便，来到人间，提倡五明学。
先灌输众生论理学、心理学、语言学、医学、科学各方面的知识；教导众生发展工业，开发资源，创造艺术、娱乐种种技巧，令众生有建业知识，谋生技能，获得物质高度文明的享受，生活富裕，「皆得无尽所受用物」，不致贫穷困苦，「有所乏少」。然后运用内明学，来开启众生的心智，令众生明真理，知因果，识邪正，止恶向善，甚至恶性隐殁，佛性抬头，成就戒、信、闻、舍、慧、惭、愧等七圣财，以提升人的德性，改善人的品质，使人乐于发挥人溺己溺，人饥己饥的精神；乐于进德修业，利己利人；乐于趣向佛道，觉悟成佛。如《华严经》言：「菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求。」是以药师如来行菩萨道时，发第三个大愿，就是运用智慧方便，以五明学的权巧，来提高人类物质的享受，同时也提升人类的智慧与质素，彻底解除人类物质与精神的贫乏，令人类物资富裕，精神饱满，不致「有所乏少」。
（四）令邪归正导小向大愿
第四大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘，而安立之。
前愿是偏重人类资生事业的发展，以促进物质文明；今第四大愿，目的是化邪归正，扩展大乘佛教济世益群的思想，是偏重于精神文明。
「若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。」是令人道众生，舍邪归正。「菩提」，译名正觉，「菩提道」即正觉的康庄大道，反之便是邪道。药师佛发愿将来成佛时，遇见有不正的思想，不正的信仰，不正的行为，不正的娱乐的人，都以正觉的思想，正觉的教育，正觉的行动来教导之，辅助之，令舍邪归正，知因识果，信仰三宝，学习大乘佛法，走向正知正见的菩提觉道。
声闻，是一类因佛说法的音声，得闻四谛理，知苦断集，慕灭修道，结果断见思烦恼，解脱生死，证得阿罗汉果的圣人。独觉，又名缘觉，是一类因闻佛说十二因缘的道理，知世间诸法，皆缘生性空，无常无我，因而放弃世间五欲的享乐，如法修学，由十二因缘的流转门，进入还灭门，而得断烦恼，了生死的圣人；另有一类立志出尘之士，但生不逢佛世，唯有孤峰独宿，春观百花开，秋观黄叶落，而悟知世态荣枯，生灭无常，不恋世事，专心修习禅定，引发无漏智慧，得断烦恼，了生死，证真空涅盘的圣人，名独觉。声闻人但断见思烦恼，缘觉兼侵习气，二者同是独善其身的修行人，属于小乘。但佛教的基本精神，却属于大乘。
「大乘」即是一佛乘。诸佛出世，虽说人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘等五乘教法，但目的在于一佛乘。如《法华经》言：「十方佛土中，唯有一乘法，无二亦无三；除佛方便说，但以假名字，引导于众生，说佛智慧故。诸佛出于世，唯此一事实，余二则非真；终不以小乘，济度于众生。」否则，「若以小乘化，乃至于一人，我则堕悭贪。」诸佛圣人岂是悭贪者？是以药师佛发愿来世成佛，不止要令沉沦生死苦海中，行邪道的人乘众生，舍邪归正，安住于菩提觉道；还要令已断烦恼，了生死的小乘圣人，回小向大，修学大乘法门，趣向佛道，不致滞留小乘，故言：「若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之」，此是依道谛中，定无漏学而发的大愿。
（五）令修梵行得戒清净愿
第五大愿，愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
梵言「尸罗」，译名戒。戒能防非止恶，令人行为清净，如《华严经》言：「菩萨护持净戒，于色声香味触，心无染着，亦为众生，如是宣说，不染六尘，不起杂念。」故持戒即是「修行梵行」。戒有在家五戒，八戒，十戒；有出家沙弥，沙弥尼戒，比丘，比丘尼戒；有《华严经》所说的菩萨十戒：「一不舍菩提心戒，二远离二乘地戒，三观察利益一切众生之戒，四使一切众生住于佛法之戒，五修一切菩萨所学之戒，六于一切法无所得之戒，七以一切善根回向菩提之戒，八不着于一切如来身之戒，九离思惟取着一切法之戒，十诸根律仪之戒。」还有《梵网经》所说的菩萨十重四十八轻戒。于所受戒，能严持不犯，名「得不缺戒」。
「具三聚戒」，三聚戒又名三聚净戒。一摄律仪戒：是受持佛所制的一切在家、出家、大乘、小乘之戒；律己修心，严持不犯，即是诸恶莫作，是断德因，可修成法身果。二摄善法戒：是修持一切善法，例如修学六度、四摄、四无量心等大乘法门，亦即是众善奉行，是智德因，可修成报身果。三摄众生戒，又名饶益有情戒：大乘佛教的精神，在于慈悲济世，利乐有情；故大乘菩萨，应该以弘法利生为出发，以普令众生离苦得乐为目的，是恩德因，可修成应身果。律仪戒是止持作犯；后二戒是止犯作持。「毁犯」是因，「堕恶趣」是果。
药师佛因中发愿成佛时，若有「无量无边有情，于我(药师佛)法中，修行梵行」，必蒙我药师如来佛光加被，「一切皆令得不缺戒」，何止圆满具足比丘，比丘尼戒，同时还可以「具」足菩萨的「三聚戒」。假设有人，被恶业所牵，为境所转，「毁犯」禁戒，若然有机会听「闻我」药师如来「名已」，能一心称名，恭敬受持，誓不再犯，即可恢复戒体，「还得清净」如故，「不」致因毁犯禁戒之罪，而「堕恶趣」。此是依道谛中的戒无漏学所发的大愿。
（六)令诸残疾六根具足愿
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
此是药师佛因中行菩萨道时，缘苦谛境而发的别愿。「若诸有情」，也许是特别指娑婆世界的众生，因为得生东方净琉璃世界的有情，皆相好如佛，绝不会「诸根不具，…种种病苦。」
「诸根」，指人身体中的眼、耳、鼻、舌、身、意等六根。人的体态怪异谓之「丑陋」，是身根有缺憾；心性鲁钝，专横固执是「顽愚」，指意根有缺憾；目不能视之疾是「盲」，指眼根不具足；耳不能听之疾是「聋」，指耳根不具足；发音不亮是「喑」，指鼻根不具足；不能言语是「哑」，指舌根不具足；手足弯曲不能伸缩之疾是「挛」；两足俱废是「躄」；背向前弯不能直伸是「背偻」；恶疮难愈，犹如痲疯是「白癞」；神经反常，心智不清是「颠狂」；此皆令人苦恼，引以为憾的疾病，都属于个人别业所招的恶报。药师佛为救拔此等众生残疾之苦，行菩萨道时，就发愿将来成佛，残疾的人，闻其名号，若能一心受持，恭敬供养，即可取消一切丑陋残障的缺憾，「皆得端正黠慧，诸根完具，无诸病苦」。黠是灵巧，慧是聪明；「端正黠慧」，则不丑陋顽愚；眼根具足则不盲，耳根具足则不聋，鼻根具足则不喑，舌根具足则不哑；身根具足则无挛、躄、背偻、白癞等病；意根无缺，便不会颠狂，或愚鲁专横。眼等五根完具，是身不残缺；意根完具，是心不残缺。由于药师佛本愿功德神力加持，凡闻佛名，而能称念佛号的人，不仅身体的残疾，获得痊愈，而心理残障的人，亦可得救，回复正常；所以佛号药师，能为人世间的无上大医王。
（七）除病苦得身心安乐愿
第七大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除；身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
人的病苦不止于残障，即使是六根完具的人，随时随地都可能发生疾病。虽然现代医学昌明，但很多疾病仍然令群医束手无策，何况贫病交逼？当一个人身患疾病，既缺乏医药救治，又无亲人照顾，且无家可归，求救无门，加以贫穷困苦，唯有坐待其毙，实在不幸，可怜得很。药师佛愿意照顾此类贫病孤苦的有情，发愿将来成佛，凭其原本愿力功德，能令此等贫病交逼，众多苦恼的众生，一闻其(药师佛)名，即得「众病悉除，身心安乐。」此言：「众病」，是包括人生理上、与心理上的疾病。人生理上的病，或可求助于世间医药，但心理上的病，就非乞灵于佛法不可。
药师佛不但能医治人肓聋喑哑，四肢残缺，六根不具，白癞颠狂，智商低能，种种生理上的奇难杂症，又可以治疗人心理上，因贪欲炽盛，所引发的斗争病，金钱病，占有病；或因瞋恨心重，所导致的报复病，残杀病，伤害病；或因愚痴、我慢所引起的社会病，政治病，罪恶病。令人消除有形或无形的病苦，转身心重病，成为「身心安乐」。
由于众病悉除，恢复身心健康，就可以从事正常操作，发展事业，重建家园，不但眷属美满，资生之物丰足富裕；且因闻名称念药师佛的功德，善根增长，自然消除三不善根的恶疾。除贪不善根的病，则知布施修福，乐意帮助一切人；除瞋不善根的病，就会发慈悲心，怜悯同情一切人；除痴不善根的病，即可增长智慧，自利兼他；直至二利究竟，终证菩提。
（八）女转男身得满菩提愿
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
「若有女人」，亦是指净琉璃世界以外的众生，因为净琉璃世界的有情，纯属大丈夫相，无需转女成男。本来佛性平等，无有高下，所谓男女，只是五浊恶世中，欲界众生的差别现象而已；色界与无色界的有情，已无男女相，故男女性别，原无胜劣之分，更无所谓高等或低级的悬殊。即使是凡夫境界，烦恼的厚薄，业障的轻重，智慧的浅深，福报的胜劣，皆基于个人宿世业力因缘使然，非关男女性的区别。
《法华经提婆达多品》言：「女身犹有五障：一者不得作梵王(因为清净与垢染不同)；二者帝释(因为少欲多欲差别)；三者魔王(因刚强懦弱相异)，四转轮王(因仁慈嫉妒各异)，五者佛身(因万德烦恼有别)。」学佛之人志在出尘，梵王、帝释、魔王、转轮王，固非所求，不作也罢，至于佛身，仅限于不可即女身作佛而已，并非女人，不可以修行，断烦恼，成佛道。至于修因证果，觉悟成佛的迟速，全视乎个人修行之精勤与懈怠而定，与男女性别无关。可是古今中外，皆以男性为社会中心，所谓：「男主外，女主内。」男性既掌握经济大权，便可以为所欲为，每故意欺侮女性，压迫女性，奴役女性，甚至诋丑女性，使女性在不平等的制度下，受尽委屈与折磨。
时至今日，随着时代巨轮的推进，女人，已非弱者，但由于社会重男轻女的恶习，根深蒂固，虽然同工同酬，但女性在家庭中，仍被视为男性的附属品，两性相处，吃亏的往往是女性；何况女性，毕竟要接受生儿育女的痛苦，是以在现实生活中，的确有不少女性，厌恶女身欲求出离。药师如来，为欲令此类女性，所求如意，故因中行菩萨道时，发愿当来成佛，若有愿意舍弃女身的人，得「闻我」药师佛的「名」号，专心称念，礼拜供养，「一切皆得转女成男」，而且具足大丈夫相；若能进修佛法，精勤不懈，终必「证得无上菩提」。
（九）化导魔外摄入正见愿
第九大愿，愿我来世，得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚，若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
梵语「魔罗」，译杀者，或扰害。凡是障碍善法，破坏功德，杀人慧命，扰乱人身心的人和事，都属于魔。可分为烦恼魔、五阴魔、生死魔、天魔等四种。烦恼魔，五阴魔，生死魔，固然令人困扰重重，心烦意乱，不能专心办道；而天魔更有魔王，魔兵，魔将，魔子、魔孙及魔眷属，都会运用种种魔术手段，网罗众生，使人迷失本性，陷入魔网，求出无由，谓之「魔罥网」。
「外道」，指佛法以外的一般宗教，不明万法惟心的道理，于心外求道，谓之外道。《大智度论》说，佛在世时，印度竟然有九十六种外道之多。于心外求道的人，不明真理，不识佛性，不信因果，邪见炽盛，往往修学种种无益苦行，如蚕作茧，自缠自缚，犹如人误入荆棘丛林，入易出难，故言「堕恶见稠林」。
魔与外道、恶见，皆属于惑，是生死根本。众生因烦恼惑而作业而受苦，如是惑业苦三，循环不已，被困苦恼深渊，无法自救。药师如来为彻底消除众生心中的迷惑，令断除苦因，苦因既灭，则苦果不生。是以在因中行菩萨道时，即依集谛发愿，愿当来成佛，能「令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚」，若有「堕」在「种种恶见稠林」中的众生，悉「皆当引摄置于正见」。
凡世间一切善法，合乎人伦道德，合乎法律秩序，合乎逻辑理论，合乎因果法则的见解，都是正见；凡能知一切众生，皆有佛性，皆当作佛，而学习大乘佛法，广修六度四摄等法门，利益众生，趣向佛道的人，就是正知正见。今药师佛乘本愿力功德，将被魔所困，被外道所缠的众生，「引」出魔网，导出恶见稠林，安置于正知正见的大乘佛法中，「渐令修习诸菩萨行」，当然可以圆满具足菩萨道，终于「速证无上正等菩提」。
可惜现代思想自由，人皆各持己见，自以为是；至于另有目的之人，故意标奇立异，邪说横行，令一般无知市民，或急功好利的人，误入歧途，自投罗网，自毁前程。例如：目前世界各地，流行着种种邪知邪见的宗教，正在谋杀人的慧命，残害人的身心，凡是正知正见的佛弟子，都应该受持及弘扬药师法门，祈求药师如来慈光加被，令邪知邪见的人，转为正知正见，共同实践利己利人的菩萨道，以杜绝社会种种罪恶发生，使我们的世界，变为人间的净土，幸福的乐园。
（十）解脱灾难令离忧苦愿
第十大愿，愿我来世，得菩提时，若诸有情，王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱，一切忧苦。
以下三大别愿，皆是缘苦谛境而发。佛说：人的富贵贫贱，穷通得失，或智愚贤不肖，皆是个人宿生业力使然；所以我们欲想富贵荣耀，幸福快乐，就要实行布施持戒，努力修善，自求多福。可惜众生迷惑无知，不信因果报应分明，每妒忌他人的成就，而苦自己之不足，因而愤世疾俗，甚至挺而走险，作奸犯法，扰乱社会治安，当然要被「王法所录」，接受国家法律的裁判。
古之王法，设有笞、扙、徒、流、死等五刑，以惩罚犯罪的人。今言：「绳缚鞭挞」是笞刑，「系闭牢狱」是徒刑，「刑戮」属于死刑。「及余无量灾难凌辱」，是指王法以外的一切天灾人祸，或是被恶人陷害，饱受凌辱。人的感受可分为苦、乐、忧、喜、舍等五种；今被种种逆境，导致「悲愁煎逼，身心受苦」是属于忧与苦。药师佛行菩萨道时，发愿拔除众生的痛苦，不管是因触犯国法，该受刑罚的人，或被人陷害，枉受无辜者，或是在王法之外，遭受其余天灾人祸的逼害，致使「悲愁煎逼，身心受苦」的众生，若得闻药师佛的名号，即可以仰仗佛的本愿功德，与佛果上的「福德威神力」加被的缘故，皆得解脱，一切王法所加，以及其余无量灾难、苦难、厄难、困难，与遭受他人的横加「凌辱」，种种「悲愁煎逼」的忧苦。
或有人问，被国法惩罚的人，若是冤枉，闻佛名号，即得解脱，是应该的；如果是五逆十恶的人，是罪有应得，若闻佛名号，即得解脱，岂非违背因果定律？当知若有福德因缘，得闻药师佛名，一定是有善根，而又勇于改过的人，今因闻佛名，受佛感化，悔过自新，转恶为善，念佛修行，必然蒙佛慈悲摄受，可以解脱灾难，或重罪轻受，正是善因善果，谁说是违背因果定律？
（十一）饥渴众生得妙饮食愿
第十一大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐，而建立之。
饮食是人类生活最基本的条件，若然缺乏饮食营养，不仅身瘦形枯，百病丛生，且面临死亡；是以世人无不为求饮食而奔驰。《楞严经》说：「十二类生，不能自全，依四食住。所谓：段食，触食，思食，识食。」
段食，又名粗抟食：指色、香、味、触等食物，可直接资养身体，间接资补精神。
触食：指人的眼等六根，与外界色等六尘接触，产生色声香味，冷暖涩滑种种反应情绪，令人心生喜乐，能长养身心，谓之触食。
思食：指人的思想与意志，能使人精神奋振，克制艰苦，甚至任劳任怨，以谋生存，谓之思食。
识食：此识非指眼等六根，攀缘色等六尘所起之六识，而是指一切众生，皆依赖而生存的第八阿赖耶识；地狱众生及无色界有情，固然赖此识资持命根，而一切众生，亦因此识资持业果，始可以延续生命，因名识食。
三界众生，皆依以上四食而住，至于出世三乘圣人，则以禅悦为食，或以愿力为食，以解脱为食，资养慧命；唯独诸佛，已转识成智，法身显现，智慧饱满，无需再依食住。
段食、触食，纯属物质；思食、识食、以及禅悦食、法喜食、愿食、念食、解脱食等，皆是精神食粮。普通一般人，大都全力注意饮食营养，争取物质的享受，而忽视精神食粮，致使人心失常，精神枯萎，百病丛生，仍然不知谋求挽救，努力?取精神食粮，令精神饱满，身心健康，反而醉心物质享受，心为形役，身为物转，每为物之得失而烦恼；尤甚的是为满足一时口腹之欲，而屠杀生灵，冤结累劫，受报无穷；或为满足一己的私欲，而强夺巧取，无恶不作，既作恶多端，则罪孽难逃，生受法律制裁，死堕恶道，受苦无量，佛眼观之，实在可怜可悯。因此，药师如来行菩萨道时，发愿将来成佛，凡为「饥渴所恼，为求食故造诸恶业」的众生，若然得闻其名号，而能「专念受持」，即先以世间「上妙饮食，饱足其身」。
「上妙饮食」，非指血腥臭秽的肉类，而是营养丰富，资补身心的天然食品，加以思想纯善无恶的思食，与深信因果知见正确的识食，该是世间最上最妙的饮食。
「法味」，指大乘佛教的思想，以及菩萨所修学的无量法门，能长养人的慧命，能令人法身健康，毕竟解脱生死之苦，获得佛果无上菩提的究竟安乐。
药师佛对于为饥渴所恼，作诸恶业，流转生死的众生，先以世间「上妙饮食」，令其安住于有漏善道，使之成为人间贤士；然后再进一步用出世间的「法味」，令其安住于无漏觉道，使之成为出世间圣人，乃至证得佛果无上菩提，究竟离苦得乐，故言：「毕竟安乐而建立之」。
（十二）贫乏众生得妙衣服愿
第十二大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊?寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
衣服不止可以卫体遮羞，还可以御寒避暑，保护肌肤，避免寒暑或蚊虫的侵袭；是以衣服，亦是人日常生活，不可或缺的护身之物。时至今日，人的衣服不但讲究华丽美观，还求款式新潮怪异，富贵的人，一件衣服，每以万元计，可是贫穷人家，往往衣不蔽体，即使是粗衣旧服，亦无以自给。药师如来为照顾此类贫苦群众，因中行菩萨道时，发愿将来成佛，若有贫穷众生，缺乏衣服，饱受蚊虫侵袭，或被寒暑逼迫恼害，如果得闻药师佛的名号，又能专心称念，如法「受持」，自然获得药师如来本愿功德威神之力加被，即能「如其」心中「所好」，随意「即得上妙衣服」。同时「亦得一切宝庄严具」，例如：宝石，钻石，钻戒，项链等首饰之类。
「华鬘」，是用种种花，或用种种宝石制成的项链首饰；「涂香」，是种种名贵的香水；「鼓乐」，是各种流行的音乐；「众伎」是各种乐器。此皆是人间富豪之家所用之物，今因专心称念佛的名号，即可「随」其「心」意所爱好「玩」赏的一切华丽衣服，各种名贵首饰，高级化妆用品，以及娱乐所用的各种器具，药师佛悉「皆」能「令」一切贫苦众生，得到「满足」，如意享受。
曼殊室利，是为彼世尊，药师琉璃光如来，应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
药师佛行菩萨道时，所发的十二大愿，前五愿是依出世间因果，道灭二谛所发的大愿，偏重佛道的修证；后七愿是依世间因果，苦集二谛所发的大愿，正视人间福乐的增益，与疾苦的消除。前五大愿是与一切众生乐；后七大愿是拔一切众生苦。不仅解救人间现实的灾难，令人福寿康宁，所求如意；同时令人离诸魔障，趣向佛道，成等正觉，究竟离苦得乐，因此被称为「微妙上愿」。
六、琉璃世界的庄严
复次曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，行菩萨道时所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。
释尊再次告诉文殊菩萨：药师如来行菩萨道时，所发十二微妙上愿的功德，以及成就佛果菩提之后，其净琉璃佛土的殊胜「功德庄严」，即使在「一劫」之中，或用「一劫余」的时间，亦「说不能尽」。
梵语：「劫波」译为时分，或时间。由一剎那开始，直至亿亿万万年，皆可名之为时分，因此佛经将时间分为小劫、中劫、大劫，以统计时间的长短。佛说世界最初成立，由光音天上的天人下生，当时人寿八万四千岁，过一百年减一岁，如是减至人寿十岁；此时人性凶恶残酷，贪瞋痴炽盛，彼此相见，互起杀心，随手所执，草木皆变成利器，由业力驱使，大杀七天，名刀兵灾。由于人多行不善，残杀无辜，非人吐毒，疾疫流行，感染即死，如是经过七个月的时间，名疾疫灾。又因人心邪恶，不务正业，天龙瞋怒，久不降雨，因旱成灾，五谷失收，人多饿死；未死之人，收集白骨，煎水取汁，饮以活命，历时七载，名饥馑劫。能免刀兵灾，能避疾疫难，能度过饥馑劫的人，大难不死，劫后余生，渐知善恶报应，而改过自新，立心向善，人寿亦随之而增，真的「天增岁月人增寿」，直增至人寿八万四千岁，如是一增一减名一小劫。积二十小劫为一中劫，积成、住、坏、空四个中劫(八十小劫)，为一大劫，今言一劫，是指住劫。药师如来因中行菩萨道时，由于行愿无穷无尽，佛果所证的功德也无量无边，以释尊的智慧与辩才，用一劫，或一劫余的时间，亦「说不能尽」。
（一）国土清净
然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩?罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。
「彼佛土」，是指药师佛的国土，彼佛国土之所以「一向清净」，名净琉璃世界，原因是彼国众生，纯于杂色宝华中化生，皆具有三十二大丈夫相；无有女人，亦无地狱、饿鬼、畜生、阿修罗等四恶趣众生，即使是因不愉快而发出的苦恼音声，亦不可得。不像娑婆世界众苦充满，甚可怖畏；不像娑婆世界五趣杂居，五浊垢秽；也不像娑婆世界，崇山峻岭，荆棘瓦砾，高低不平；而是琉璃为地，金绳界道，宫殿楼阁，皆珍宝所成。「城」是市民聚居之处，正中的通道是「阙」，高广大厦是「宫」，重楼是「阁」。「城阙宫阁」以及其他轩堂明窗，装饰罗网等物，皆是金银、琉璃、砗磲、玛瑙、珊瑚、琥珀、珍珠等七宝所成。「亦如西方」阿弥陀佛的「极乐世界，功德庄严」同等，并无任何差别。因为琉璃极乐，皆是佛的本愿功德所成就的佛国土；药师弥陀，都是佛从体起用，教化众生的大权示现；虽因众生根性不同，施教的方式不一，东西各异，但若然摄用归体，则理性无二，唯一真法界，何来东西之别？故言：「等无差别」。此明佛的依报庄严。
（二）眷属庄严
于其国中，有二菩萨摩诃萨，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处；悉能持彼世尊，药师琉璃光如来，正法宝藏。
「其国」，指药师佛的净琉璃世界。此世界中有无量无数众多的菩萨，从佛闻法，作为药师如来的法眷属。其中有二位大菩萨，「一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首」。上首，即是诸菩萨众的首领；譬喻日、月光明，是众星光的上首一样。日光能破黑暗，表示菩萨的智慧光明，能照破众生无明烦恼长夜的黑暗；月光能令大地清凉，表示菩萨的慈悲，能令众生除热恼，得清凉。
又菩萨名日光，表示一切智，名月光表示道种智，佛名琉璃光，表示一切种智，若佛若菩萨，若主若伴，皆以般若智光，广作佛事，利益众生。
因为日光与月光菩萨，是药师如来的接班人，将继承佛位，犹如世间的王太子，将继承王位，执行王政一样；亦如弥勒菩萨，当来下生此娑婆世界成佛，补释迦牟尼佛之处。又如西方极乐世界的观音、势至两位大菩萨，在阿弥陀佛灭度之后，即于极乐世界，补佛之处，次第成佛，继承佛位。日光、月光两位法身大士，将继药师佛之后，在净琉璃世界，相继成佛，故言：「次补佛处」。
「正法宝藏」，拣非世间上的邪法，而是出世间最妙至上的正法，此正法即是胜曼经所说：「佛性者，是如来藏，是正法藏，是法身藏，是出世藏，是自性清净藏。」日光、月光两位大菩萨，位居等觉，智慧功德与佛同等，通达佛性，亲证法身，所以「悉能」受「持彼」净琉璃世界的「世尊药师琉璃光如来」的「正法宝藏」。
（三）劝信愿生
是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人等，应当愿生彼佛世界。
释尊既已介绍药师如来，因中的行愿功德，及果上依正庄严，所以劝诸有情，发愿求生彼国；亦如伟佛说阿弥陀经一样，劝人发愿往生。善男子，包括沙弥、比丘、优婆塞等；善女人，包括式叉摩那、沙弥尼、比丘尼、优婆夷等。释尊的意思是说：凡对药师如来有信心的七众佛弟子，都应当发愿，求生彼药师佛的净琉璃世界，一则可以避免众苦，二则可以常随佛学，饱餐法味，受众妙乐。
七、本愿功德的殊胜
（一）闻名灭罪免堕恶道
以下是释尊简单介绍净琉璃世界的国土清净，眷属庄严并劝导我们发愿往生彼国土，亲近药师如来之后，再介绍药师如来，由本愿所成就佛果利他的殊胜功德。药师佛利益众生的功德，可分为四大类：一是闻名灭罪免堕恶道，二是持名增福得生善处，三是持咒治病终成菩提，四是供养消灾获福免难。闻名灭罪免堕恶道，又可分四点：
（1）灭悭吝贪惜罪
尔时世尊，复告曼殊室利童子言：曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪?，不知布施，及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护；见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。
凡利己又益人的事谓之善；凡损人利己，或损人不一定利己的事谓之恶。本来为善最乐，为恶遭殃，是必然的因果定律，所谓：善有善报，恶有恶报，因果是永远相随，也永远相类的。是以我们欲想幸福快乐，就要诸恶莫作，众善奉行。可惜迷途众生，「不识善恶」因果报应，一向「惟怀贪」恋物质享受，悭「吝」不舍之心，「不知布施」，可获无量福报。又「愚痴无智，阙于信」仰三宝的善根，只知「多聚财宝，勤加守护」，刻薄寡恩，分文不施，拔一毛以利天下亦不肯为。见有乞求帮助的人来，或慈善机构向他劝捐，「其心」则生厌恶「不喜」，假「设」因人事关系，或因面子问题，「不获已而行施时」，则「如割身肉」一样，「深生痛惜」。
复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢、作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或傍生趣。
还有，世界上无量无数众多悭贪的人，只知「积集资财」，愿意作为一名忠实的守财奴，连他自己本身的享乐，尚且不舍得受用分文，何况能与父母、妻子、奴婢、作使、及来乞者分享自己的财富呢？殊不知世间财物，五家所共有，更不知百岁光阴一剎那，转眼发白面皱，无常终于到来，结果，万般带不去，唯有业随身。「彼诸」不肯布施，利己利人的「有情」，由于生前悭贪的罪业，「从此」人道「命终」之后，即「生饿鬼界，或傍生趣」，受苦无量。
由昔人间，曾得暂闻，药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时，从彼处没，还生人中，得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐；好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足，血肉身分，施来求者，况余财物。
由于悭贪不舍之罪，堕落恶趣受苦的众生，幸而往昔在人道中，「曾」经「得暂」时「闻药师琉璃光如来名故」，已在八识田中，印烙下药师佛号的种子。今由种子引生现行，故虽「在恶趣」中受苦时，忽然能「暂得忆念彼」药师「如来名」，凭此忆念如来名号的功德，「即于念时，从彼处没，还生人中」，得解脱三恶道之苦。而且凭佛力加被，「得宿命念」，能记忆前生由于悭贪之罪，曾经堕落在恶道受苦，现在因怖「畏恶趣苦」，再不敢因好乐五欲快乐的享受，而损人利己，薄人厚我；反而能舍己为人，「好行惠施」，或见他人布施，亦能随喜功德「赞叹施者」。对于自己「一切所有」的财物，「悉无贪惜」之心，而能欢喜布施，或从事社会公益事业发展，以谋利益群众，或在需要时，尚且可以渐由外财布施，进而「能以头目手足，血肉身分」等内财布施，例如：输血，或捐赠身体各部分器官，给来求助的人，何「况其余」身外的「财物」呢！
是药师如来以布施之药，对治众生悭贪之病；所以悭贪有情，得闻药师佛的名号，由佛力加被，便可以消灭悭贪无知之罪业，得成就檀波罗蜜的利益。
（2）灭犯戒谤法罪
复次曼殊室利，若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗，而破轨则；有于尸罗轨则虽得不坏，然毁正见；有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢，覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱，傍生，鬼趣，流转无穷。
「尸罗」是梵语，含有清凉、安稳、安静、寂灭等四义，简译为戒。「若诸有情」，指人道中学佛修行的七众佛弟子。「学处」，是指佛所制的戒，因为戒是佛弟子应当修学之处，例如：在家佛弟子，以受持五戒、八戒为其学处，出家二众，以受持具足戒为其学处，菩萨以受持菩萨戒为其学处。故凡是佛弟子，都有应守的戒律，犹如社会群众，必有其应守的法律一样；若人犯戒，即毁私德，违背法律，是毁公德。如无正见，则损公益，不求多闻，是断慧命。一个正信的佛弟子，或良善的公民，皆应严持佛戒，遵守国法，还要力求多闻，了解佛法，建立正知正见，深信因果，如法修证。所谓：「解行并进」。切忌曲解佛意，邪见炽盛，或得少为足，贡高我慢，沦落为魔鬼眷属，自害害人。
佛告曼殊菩萨，有人虽然于「如来」正法中，「受持诸学处」，但不能持戒清净而「破尸罗」。有人虽不致破尸罗，犯杀、盗、淫、妄等根本大戒，「而破轨则」。轨则，是僧团共住的仪轨法则，大?盘经说，出家人应常修七事：一欢喜和谐，犹如水乳；二恒共集会，讲论经法；三护持禁戒，不生犯想；四恭敬师长，及于上座；五料理爱敬，阿练比丘；六劝化修营，三宝住处；七勤加精进，守护佛法。若然七事不修，是「破轨则」。
正见有世间及出世间之别，世间的正见，是知善恶，明因果，信四大皆空，五蕴无我，信修学佛法，可了生死，可证?盘；出世间的正见，不止理解诸法空性，还要深信人皆有佛性，人皆可以成佛，自己要发菩提心，勤求佛道，还要广度众生，令成佛道
如果有人虽然戒行无亏，也能遵守僧团的仪轨法则，可是思想错误，心念不正，得少为足，甚至未得谓得，未证谓证，每每传播谬论，导致别人曲解佛教，是「毁正见」。
「有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义，不能解了。」这又是一类知见虽正，但学识肤浅的修行人，往往固步自封，不肯亲近善知识，多参饱学，对「于佛所说契经」的甚「深义」理，当然「不能」理「解」明「了」。每以佛的不了义经，作为了义教，自误误人，实在罪过。
「有虽多闻而增上慢」，此又是一类思想有问题的学佛人。虽然肯广学多闻，增长个人的佛学知识，却因此贡高我慢，目中无人。或不专精佛典，而学异端邪说，以为博学多才，殊不知反而因此，生起增上慢，「由增上慢覆蔽」自心的缘故，往往以为自己的见解正确，而说他人的知见不对，因为「自是非他」的结果，「嫌」弃毁「谤」了佛的「正法」，成「为魔」鬼的「伴党」而不自觉。「如是」破戒、毁正见、弃多闻、起增上慢、自是非他、嫌谤正法的愚蠢无智的人，不止自己的行为，沦落于邪知邪见，同时「复令无量俱胝(百亿)有情，堕大险坑。」险坑，指三恶道，是陷害人的危险火坑，正所谓：一肓引众盲，相牵入火坑。此等自行邪见，又令无量百亿众多有情，堕落邪见陷阱的人，可谓罪大恶极，理应永远堕于地狱、傍生、鬼趣三恶道中，流转生死，无有穷尽。
若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法，堕恶趣者，以彼如来本愿威力，令其现前暂闻名号，从彼命终，还生人趣。得正见精进，善调意乐，便能舍家，趣于非家；如来法中，受持学处，无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴；渐次修行，诸菩萨行，速得圆满。
此明闻佛名号，即得离恶生善益。恶行指破戒、邪见、谤法等罪行；善法指正见、精进等善行。恶行的人，若得闻药师琉璃光如来名号，便可获得佛的本愿功德神力加被，而能舍恶行，修诸善行；由于转邪归正，转恶为善，则善因得善果，再「不堕恶趣」，而得解脱三恶道之苦。
假「设有」业障深重的人，虽闻佛的名号，仍然「不能舍诸恶行，修行善法」，不能避免「堕恶趣者」，但「以彼」药师「如来本愿威力」，能「令其现前暂闻」药师佛的「名号」，以此闻名功德，罪恶众生即可从彼恶趣命终，还生人趣，而且得正见精进，修学佛法，善于调摄身心，令自己意乐出家修行，便能舍离家庭，趣向非世俗之家，而入如来法王之家，在「如来」的正「法中，受持学处(戒律)，无有毁犯」，并且正知正见，勤求多闻，故能了解佛经的甚深义理，远「离增上慢」，不再毁谤正法，不致堕落邪见为魔伴侣；如是「渐次修行诸菩萨」所修学的六度万行，即可「速得圆满」诸波罗密，而成就佛果菩提。
此是药师如来，用戒度、进度、慧度之药，对治众生毁犯、懈怠、邪见等病，故能令犯戒、邪见、不求多闻的众生，闻药师佛名号，即可消灭毁犯、邪见、谤法等罪，而得持戒、正见、多闻等利益。
（3）灭嫉妒毁他罪
复次曼殊室利，若诸有情，悭贪嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦﹔受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞，饥渴逼恼，又常负重，随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。
人的富贵与贫贱，成功或失败，皆由人宿世业力所使然，既非人与，亦非天赐，一切都是由自己自作自受。可惜世人无知，不肯努力自求多福，反而怨天尤人，每悭自己的所有，妒忌他人的成就，既贪求不已，心无厌足，且不喜他善，不耐他荣；往往自赞毁他，造种种恶业，《瑜伽菩萨戒本》言：「他实有德，不欲赞美，他实有誉，不欲称扬。」反而恶意中伤，谗言毁谤，令人间「事修而谤兴，德高而毁来」，是非?起，道德沦亡，可谓罪业深重，当然要「堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦。」受完地狱，饿鬼道中种种剧烈苦果报应之后，即「从彼」恶趣「命终，来生人间，作牛马驼驴，恒被鞭挞」，既要忍受「饥渴逼恼」；又要常为人背负重物，「随路而行」。畜生报尽，即使「或得为人」，仍然要受「生居下贱，作人奴婢，受他驱役」种种苦楚，一辈子「恒不自在」。
恒被鞭挞，是嫉妒的余报；饥渴逼恼，是悭贪的余报；生居下贱，作人奴婢，受他驱役，是自赞毁他的余报。可知因果报应，丝毫不爽，正报受尽，还要受其余报，我们诚应时刻警惕，勿作恶因，免招苦果。
若昔人中，曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依；以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔罥，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死，忧悲苦恼。
若果此类有情，往昔在人道中，悭贪嫉妒之时，如有机会「曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因」，今恶报受尽，善因种子发生现行，即得复忆念药师如来的名号，又能「至心归依」药师如来，药师如来即「以佛神力」，加被此等生居下贱，不得自在的有情，令得「众苦解脱」，同时还得诸根聪明伶利，智慧多闻，恒常发心追求大乘殊胜的佛法，而且常得值遇善友提携，远离恶知识，永远断除魔罥网，而能冲「破无明壳」的蒙蔽，枯「竭烦恼河」的沉溺。
无明烦恼，缠缚众生，障蔽心智，犹如人堕在壳中，不见天日；若能突破无明烦恼的障蔽，令人内心智光显现，照见真理，谓之破无明壳。三惑烦恼，能令众生长期漂流生死苦海，求出无由，犹如暴涨的河流，有灭顶之患，谓之烦恼河。今既能智慧多闻，恒求胜法，又能如法修行，以戒定慧三无漏学的力量，断除贪瞋痴等根本烦恼，其余枝末烦恼的河流，亦随之而枯竭，是名竭烦恼河。当知烦恼，是滋润生死的源泉，是导致众苦的根本；今既能破无明壳，竭烦恼河，自然可以「解脱一切生老病死，忧悲苦恼」的折磨。
此是药师如来以福慧二严之药，对治众生不修福慧之病；悭贪嫉妒，是不修福德；自赞毁他，是缺乏智慧。由于众生贫穷无福慧，故被悭贪嫉妒心所驱使，作诸恶业，而招致三恶道种种剧苦。幸而往昔得曾闻药师佛名，以及今复忆念的功德，即可消灭悭贪、嫉妒、自赞毁他之罪，而得解脱众苦的利益。
（4）灭斗讼咒诅罪
复次曼殊室利，若诸有情，好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，辗转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神，杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等；书怨人名，作其形像，以恶呪术，而呪诅之；魇魅蛊道，呪起尸鬼，令断彼命，及坏其身。
「好喜乖离」，指个性乖张的人，喜欢搬弄是非，歪曲事实，说离间语，向甲说乙的不对，向乙说甲的不是，挑拨离间，鼓励仇恨，目的是令彼此不和，从中取利，属于口的恶业。更有一类好勇斗狠的人，每因小事，即互相斗争，或口诛笔伐，甚至闹上法庭，诉诸法律，结果两败俱伤，恼乱自己，又恼害他人。这种毫无道德修养的人，身则杀盗淫，口则两舌恶口，妄言绮语，心则贪瞋痴，如是「以身语意」三业，「造作增长种种恶业」，岂止「辗转常为不饶益」自他的「事」，而且更进一步「互相谋害」；在力不敌时，不惜采取邪恶之术，危害对方。例如祷「告山林树」木的树神，以及野「冢」孤墓之间的鬼「神」，请求树木鬼神代为报复。或「杀」鸡鸭牛羊等「诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎婆等」鬼神，请祂们伤害对方，以泄心中愤恨。或书写自己怨恨之人的名字，及其生辰八字，又造「作其形像」，以种种邪「恶咒术而咒诅之」；或以「魇魅蛊道」谋害对方。
药叉，即是夜叉，译名疾捷；罗剎，译暴恶；魇魅，译名瓮形，皆是恼害人的恶鬼。「蛊道」，剧毒谓之蛊，蛊惑之道，是集众毒虫于一处，让它们自相残杀，剩下最后一只，将它烧死，磨成粉末，暗中放入仇人的食物中，毒死对方。
「起尸鬼」，是用咒术，令死尸活动，然后给与刀剑，教令去断彼仇人的性命，以及损坏其身体。此皆是瞋恨心重，又心术不正的人，所用不道德的恶毒手段，若不悔改，势必堕落三恶道。
是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切辗转皆起慈心，利益安乐，无损恼意，及嫌恨心；各各欢悦，于自所受，生于喜足，不相侵陵，互为饶益。
「是诸有情」，是指被谋害的人。「若得闻此药师琉璃光如来名号」，便仰仗佛的威德神力，使「彼诸」陷害自己的「恶事」，悉皆不能危害，反而能令恶鬼恶人，「一切展转，皆起慈心」，变成「利益安乐」人间的善鬼善人，再「无损恼意，及嫌恨心」，彼此「各各欢悦」相处，于自己所有受用之物，即使贫穷困苦，亦能安守本份，生于欢喜知足想，不再为满足自己无穷的欲望，而去侵害或陵辱他人，同时能「互相饶益」，和衷共济。
此是药师如来，以忍辱之药，对治瞋心的病，是以因瞋恨心而喜欢斗讼，恼乱自他的众生，得闻佛名，即转瞋恨为慈悲，转凶恶为良善，转互相侵犯，互相陷害，为互相饶益；令自已与他人，皆得安享其乐。
（二）持名增福得生善处
（1）得生佛国益
复次曼殊室利，若有四众，苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等；有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处。以此善根，愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法，而未定者；若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：文殊师利菩萨，观世音菩萨，得大势菩萨，无尽意菩萨，宝檀华菩萨，药王菩萨，药上菩萨，弥勒菩萨，是八大菩萨，乘空而来，示其道路，即于彼界，种种杂色，众宝华中，自然化生。
「苾刍、苾刍尼」，是比丘、比丘尼的异译，是出家修行的男女二众。「邬波索迦、邬波斯迦」，即优婆塞、优婆夷，译近事，意思是亲近三宝，事奉佛法，是在家学佛的男女二众。「及余净信善男子、善女人等」，是指四众以外的沙弥、沙弥尼、式叉摩那，以及求受三归五戒，或但归依三宝，未受五戒，对三宝能生起清净信心恭敬事奉的善男信女。「八分斋戒」是一不杀，二不盗，三不淫，四不妄语，五不饮酒，六不坐高广大床，七不着香花鬘、不香油涂身、不歌舞及不往观听，八不非时食。前七种是戒，后一种是斋，合名八分斋戒。无论是已受五戒，或末受五戒的在家佛弟子，皆可以于每月初八，十四，十五，二十三，二十九，三十等六斋日，持此八分斋戒。或经常于每年正月，五月，九月等三长斋月，受持此八分斋戒，功德更大。因为佛经说：四天王于此三个月中，巡视至南赡部洲；故于此三个月中，持戒修福，功德倍胜。
「受持学处」，是受持佛制的禁戒。出家弟子，无论是受持沙弥、沙弥尼戒，是受持比丘、比丘尼的具足戒，或是受持菩萨的十重四十八轻戒，以及三聚净戒；在家学佛的人，无论是受持五戒，八分斋戒，或在家菩萨戒，都有功德。若能「以此」持戒的「善根」功德，回向发「愿生西方极乐世界，无量寿佛所，听闻正法」的人，是应该可以往生极乐净土的。今言：「而末定者」，可作两种解释，一是受持斋戒的人，只愿生西方极乐世界无量佛所而已，但愿犹未坚，志趣未定。其次是仅凭此斋戒的善根功德，发愿往生，但信未深，愿未切，行又未精，资粮未备，得生与否，仍未决定；临命终时，若遇恶缘，难免堕落。此类有情，「若」果得「闻世尊药师琉璃光如来名号」，又能专心持念，则「临命终时，有八大菩萨」来指示其往生东方净琉璃世界的道路。
文殊师利菩萨，译名妙德或妙吉祥，本门深远，曾为七佛之师，今?门示现在娑婆世界助释尊教化，是华严三圣之一，代表大智。 观世音，得大势二菩萨，是西方极乐世界三圣之二，观音菩萨寻声救苦，代表大悲；大势至菩萨，以智光普照三涂众生，令离诸苦，得无上力，代表大力。无尽意菩萨发心无尽，愿力无尽，代表大愿；宝檀华菩萨，以因行之华，庄严佛果菩提，代表大行；药王菩萨，能以法药，治疗众生身心重病，代表大用；药上菩萨，能以无上法药，供养大众，代表大仁；弥勒菩萨，得慈心三昧，救护众生，代表大慈。大智、大悲、大力、大愿、大行、大用、大仁、大慈，正是药师如来具足的八种功德。
又文殊了了见佛性，表示正见；观世音寻声救苦，表示正语；得大势普利众生，表示正业；无尽意心愿无尽，谛观不二，表示正思惟；宝檀华勤修万行因华，表示正精进；药王善治众病，怜悯众生，表示正念；药上能令众生法身健康，表示正命；弥勒修唯心识观，表示正定。「是八大菩萨，乘空而来，示其道路，」是表示药师如来从毕竟空的法身理体，起大智等八德的妙用，来指示众生八种圣道的道路，引导持戒修福的人，往生其国。
「即于彼界」是指彼东方净琉璃世界。「种种杂色众宝华中，自然化生」，但不同于六道四生中的化生，六道胎卵湿化四生中的化生，仍然是由业力变化而成形；今持戒念佛的众生，既非烦恼业力为因，亦非父母贪爱为缘，而是依据自己的善根功德，与药师如来本愿功德威力，顷刻之间，即于彼净琉璃世界，杂色宝华中，自然化生，且无男女性别，皆具大丈夫相，自身光明，与佛无异。
或问，往生佛国何需八大菩萨引导辅助？又何必是于欲生西方而未决定者？当知我们出门旅行，即使是在自己的国家，或近在邻国，初次前往，仍然需要导游带领，何况远在十万亿恒河沙佛国以外的净琉璃世界？若无佛菩萨接引，如何辨别方向？又怎可以顷刻即到？因为弥陀法门，主张万念放下，若能一心念佛，即与阿弥陀佛愿力相应，故临命终时，佛来接引，而得往生。至于药师法门，则偏重有情现实生活的享乐，以消灾障，增福寿为主，若有一类众生，虽慕极乐净土殊胜，愿意往生，但信愿不深，资粮未备，又因现前身心众苦交煎，未能专心持名，未必一定可以往生，后得闻药师如来圣号，至心诵持，希望消灾免难，增福延寿，兼愿往生药师佛国，加以药师如来本愿慈悲摄受，故临命终时，由此土名称普闻的八大菩萨，乘空而来，示其道路，即可往生。何况药师弥陀，东西虽隔，行愿无异，国土庄严，亦无差别，但由众生的愿力与福德因缘，佛及菩萨即接引往生。
（2）上生天界益
或有因此，生于天上；虽生天上，而本善根，亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。
「或有」一类持戒的众生，虽得闻药师如来名号，亦能至心受持，可是但求人天福报；此时命终，亦可「因此」闻名持念的功德，得上生天界，享受天福。
佛经说：三界共有二十八层天，其寿命长短与福报大小，彼此各异；但同是属于有漏之福，不能久享。当天福享尽，都有可能被宿世恶业所牵，再次堕落三涂受苦。是以永嘉禅师说：「住相布施生天福，犹如仰箭射虚空；势力尽，箭还堕，招得来生不如意，争似无为实相门，一超直入如来地。」但持戒念佛的佛弟子，功德善根深厚，报}