8核12GBlinux内核内存分配的机器,MP2能算多大体系

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适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
颗粒封装:BGA
传输标准:PC3-12800
¥999 [停产]
¥1550 [停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:2000MHz
CL延迟:9-10-9-27
传输标准:PC3-16000
¥1499[无货]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
插槽类型:DIMM
CL延迟:9-9-9-27
¥699[停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
CL延迟:8-8-8-24
¥2599[停产]
¥205 [停产]
¥497 [停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
CL延迟:9-9-9-24
针脚数:240pin
¥645[停产]
¥205 [停产]
¥497 [停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
CL延迟:9-9-9-24
针脚数:240pin
¥1116[停产]
¥1199 [停产]
¥681 [停产]
¥2799 [停产]
¥561 [停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(3×4GB)
内存类型:DDR3
内存主频:2000MHz
CL延迟:9-11-9-27
针脚数:240pin
¥1727[停产]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1066MHz
CL延迟:7-7-7-20
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1066MHz
CL延迟:8-8-8-28
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:7-7-7-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:9-9-9-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
CL延迟:8-8-8-28
针脚数:240pin
传输标准:PC3-12800
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:6-6-6-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1066MHz
CL延迟:7-7-7-24
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1800MHz
CL延迟:8-8-8-28
针脚数:240pin
传输标准:PC3-14400
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1800MHz
CL延迟:9-9-9-28
针脚数:240pin
传输标准:PC3-14400
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:2000MHz
CL延迟:8-8-8-28
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:2000MHz
CL延迟:9-9-9-28
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
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内存类型:DDR3
内存主频:1066MHz
CL延迟:7-7-7-20
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1066MHz
CL延迟:8-8-8-20
针脚数:240pin
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:6-6-6-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:7-7-7-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1333MHz
CL延迟:9-9-9-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-10600
停产[北京]
适用类型:台式机
内存容量:12GB
容量描述:套装(6×2GB)
内存类型:DDR3
内存主频:1600MHz
CL延迟:7-7-7-24
针脚数:240pin
传输标准:PC3-12800
停产[北京]
还有款12GB内存&&
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热门类别:[大杂烩]Gaussian内存讨论摘抄
高斯内存使用问题
为什么我把%mem=60MW 改成%mem=218MW&
就会出现2070错误?我机子内存是4G
估计你用的是windows版本吧?
%mem=**MW,通过这个命令来设置内存。你设定的内存为60MW&8=480兆(1MW等于8 兆)。
而之后设置的218MW&8=1744兆,基本上剩下的内存肯定不够windows系统用的。也就是说你所能设置的内存等于物理内存-操作系统运行所需内存-要运行的其他软件所需
内存才能有效,所以不建议设置内存过大。
可能还有其他方面的原因,你再查查,或者水补充一下linux下的。
我前面有帖子解释过,贴过来供你参考:
简单的说,那个gaussian会先暂停的那个问题,程序已经提醒你了,他马上需要300多M的内存,而你目前只有
50M内存,所以警告你是否要继续——别说你还有1.5G内存闲着呢,别说你写了%mem=800M,那都没用。
因为你在windows下面计算,内存是由windows来分配和调度的,不是说你申请了800M他就给你800M,不是你
有1.5G闲着他就给你1.5G,windows接管了内存,他不给你你就一点办法没有。windows默认使用页面文件来
虚拟内存,你需要的时候他一点一点放给你,如果需要内存多了,他会用页面文件虚拟出来一块内存来欺骗你。
——你要知道,内存的读写速度和硬盘文件的读写速度差别有多大,你的计算不断的会跟内存交换数据,windows每次都拿虚拟内存来对付你,你能算得快么?这就是我反对用windows算gaussian的一个原因,其他原因就是windows下多核计算困难(只是听说g03e01可以,没有证实过),并行就没听说过。所以用windows算gaussian玩玩票可以,做科研就是扯淡。
确实,做gaussian用windows确实是浪费
但是单windows下确实是可以并行通过共享内存达到利用多核的目的。不过其效率远远不能和linux相比较。目前为止我只是过E01版本,用四个核,可以。
我以前也碰到过2070错误,说是内存足或者是磁盘空间不足,你可以试下加direct减小内存占用或者用%rwf=&&
mb来设定磁盘空间。
那你在%mem=218MW 之后再加上%nproc=n试试看哪,想前面几位说的那样有些版本是可以的。我以前用B版本也是可以的。
linux下gaussian计算内存%mem设置问题
cpu:8核 内存:32g
在计算不同的分子时 怎么设置%mem=& 的问题:
1.看了些帖子,说%mem不是设的越大越好,那具体怎么设置,有什么依据了?
2.在计算时,用dft hf 优化和频率一起做 体系有50多个原子 用6-31g(d) 内存设为4g 算的还算快的。可是换了mp2
方法后 优化过程还行 可是到了频率计算 有几次都给不动了 死机了 mp2/6-311*(d,p) %mem=8g
为什么了?
3.听说mp2方法 内存设置越大越好 是不是?
linux下,这个我没有设置& 环境变量设置后,好像默认是存在scratch文件夹里 我看过
最大时rwf有100g& 我的系统是64位
而scratch文件有250g& 频率计算时应该没有问题吧?
望版友给于解答和讨论!谢谢!
以我的经验,dft类方法,500个基函左右的规模,内存设为1g,通常的优化、频率、性质计算已经足够。设得过大的话,程序用不着,结果系统在每次link转换时反复地申请内存,一段时间后又空出来,是会多浪费一点时间,windows下更明显。
mp2方法时内存是越大越好,内存越大,硬盘空间需要的越少,也就节约了磁盘读写时间。mp2计算出问题常常是因为磁盘空间不足。
这么大的体系还要算MP2的频率,有点晕
MP2计算的内存还是设置的大一点,
要是我在你的电脑上做相同计算我会设置
如果基函数(前面的那个basis functions)数量超过550,
频率计算够呛能通过,我计算400多基函数的时候,硬盘都快写到200gb了
【求助】Gaussian内存设置
Gaussian输入文件里面内存为什么不可以设置为全部物理内存?谢谢
作者:manson1998
Originally posted by suncedar at
Gaussian输入文件里面内存为什么不可以设置为全部物理内存?谢谢
不知所云。。。。
作者:yjcmwgk
你让高斯把全部物理内存占满了(事实上这是不可能的,但是我们假设这种情况的发生),那么你让系统进程占用什么内存?
作者:suncedar
Originally posted by manson1998 at
不知所云。。。。
我用的机器物理内存为24G,输入文件为:%mem=16GB
(别人帮忙设置的),所以这样问的,liunx系统占用内存应该不大啊
作者:qzhaosdu
Originally posted by suncedar at
我用的机器物理内存为24G,输入文件为:%mem=16GB
(别人帮忙设置的),所以这样问的,liunx系统占用内存应该不大啊
设置不要超过实际物理内存的一半。
作者:suncedar
我就是想知道为什么"设置不要超过实际物理内存的一半"?设置大了有什么影响?系统进程占用内存不会达到一半吧
作者:gaochao85
使用内存的时候不是固定的,在算某步的时候忽然增大很多。你电脑就卡死了
作者:lb1586551
其实我测试过,我以前4G内存,一不小心,结果设为800MW,死机到不会,结果会更慢。
作者:zhangmt
这根据你的任务大小和你的写法有关,只要够用就行,你给再多他不需要能有什么用?没有“不超过一半”的限制,而是提前预算一下,大致需要多少即可。
作者:zhongcm
Originally posted by zhangmt at
这根据你的任务大小和你的写法有关,只要够用就行,你给再多他不需要能有什么用?没有“不超过一半”的限制,而是提前预算一下,大致需要多少即可。
请问怎么预算大致需要的内存?
作者:zhangmt
具体需要知道你的任务类型,比如优化和频率分析就不一样。
相同任务时,大小主要取决于基函数的个数,与基函数的类型。
具体公式我也没背下来,如果你看过 高斯用户手册 ,就能找到公式,就不会
有这个问题了。
GAUSSIAN 能用虚拟内存吗?
计算设置为-M- 40MW(320MB),多余的内存以及设置的虚拟内存 GAUSSIAN 还能利用吗?
我个人认为给Gaussian分配恰好合适的内存,计算速度最快
当然或许这个问题是操作系统内存分配上的问题
从内存里读取数据是很快的呀,难道过多的内存也有影响吗?
G98默认的内存太小了
所以,我就在每一次算题的时候,在具体的每个输入文件中定义它
一般就是我的物理内存减去100M(算是系统必须用的那一部分)
但是,我没有做过比较,这样是否比它默认的要好
另外,如果定义的内存太大,大于物理内存,那么你会看到你的硬盘哗啦哗啦的响,计算速度会很慢很慢,CUP的占用率很底很底
你可以比较下试试
内存设大或设小都会影响计算速度
【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存
1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz
,2G的机器,请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存,才能发挥到计算效率要好一点,我一般是设置%mem=60MW,是不是可以分配得大一点?谢谢
2.还想请教一下当优化一个分子时,如何知道优化的是分子的最佳构型,我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称,生成的结构复制到chem3D里面,保存为pdb文件,再在GAUSSVIEW里面打开,保存为gif文件,再用GAUSSIAN
03里面计算,但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型,好像优化跟分子的初始构型关系很大,希望虫友指教,刚接触GAUSSIAN不久,见谅。
我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂,CTAB,CTAC等,或者还有什么好一点建议,谢谢:)
你的机子内存是2G,那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的;
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型,一般可以通过相对能量比较其稳定性
作者:recoli
表面活性剂是不是有长碳链的?那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质,不见得一定要最低能量构型,因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实,找到了意义也不是很大,因为常温下肯定是多个局域能量构性之间相互变化的。
作者:hairan
Originally posted by S at
你的机子内存是2G,那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的;
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型,一般可以通过相对能量比较其稳定性
这个回复有些误导
貌似lz是在windows下计算,此时不应将内存全部分给计算,至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G,也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian,只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点(仅限于windows版和标准linux版,不含一些特别编译的版本),如果不能将所有的积分全部放在内存中,那么lz在计算中至多设置你目前60mw,否则每到一个link,系统需要先把你定义的内存吃满再计算,内存设的越大,计算过程反而越慢。
注意,一般也不要小于10mw,太小了,某些计算是无法进行的。
另外,上面的分析只对半经验,HF和DFT计算有效,如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法,只要体系不是太小,内存是多多益善。
作者:bylin
"每到一个link,系统需要先把你定义的内存吃满再计算,内存设的越大,计算过程反而越慢。"
请问这句话是什么意思呀?“系统吃满内存”是怎么回事?
作者:hairan
Gaussian计算是模块化的,计算过程中不同的任务需要调用不同的模块,这些模块在在Gaussian中就叫做link,如果你细心察看进程,你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程",比如l502.exe,
这里的"l"就是link的简写字母L,而不是数字1。对标准的gaussian版本,每到一个新的link,程序不管用不用那么多内存,先把你设置的内存量占用了,然后才开始这个link的计算,到下一个link的时候先释放内存,然后重新在占用设置容量的内存。如此反复,直到计算完成,因此很多时候你设置的内存越大,计算反而越慢。
作者:bylin
噢,明白了,呵呵。看来不能盲目分配大内存呀
作者:zhumenjun
Originally posted by recoli at
表面活性剂是不是有长碳链的?那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质,不见得一定要最低能量构型,因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实,找到了意义也不是很大,因为常温下肯定是
它一般的结构都是8-18组成的碳链,我需要的参数:轨道能量,热力学参数,极化率,偶极距,摩尔体积几种常用的参数,是不是不需要找到它的最稳定的构型?
作者:recoli
Originally posted by zhumenjun at
它一般的结构都是8-18组成的碳链,我需要的参数:轨道能量,热力学参数,极化率,偶极距,摩尔体积几种常用的参数,是不是不需要找到它的最稳定的构型?
我没做过相关计算所以不太清楚,还是看看文献里怎么做的吧,取什么构型,如何计算等等。
作者:majun04
Originally posted by hairan at
Gaussian计算是模块化的,计算过程中不同的任务需要调用不同的模块,这些模块在在Gaussian中就叫做link,如果你细心察看进程,你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程&quo
这个所需要的内存占用量,和分子体系的大小以及调用的方法基组,有没有什么普遍性的规律可供参考?
有的时候想最可能的利用好电脑资源,感觉不是太懂行。
作者:bylin
内存占用量和分子体系的大小以及调用的方法基组的关系可用freqmem算一下,不过好像只是针对HF方法的
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